More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0644 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0644  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 59 aa  114  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000104871  hitchhiker  0.000000231079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2839  50S ribosomal protein L30  72.88 
 
 		 59 aa  87.8  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0951  50S ribosomal protein L30  62.71 
 
 		 59 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0200139  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3310  50S ribosomal protein L30  62.71 
 
 		 59 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000129618 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1084  50S ribosomal protein L30  59.32 
 
 		 59 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.055199  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0698  ribosomal protein L30  59.65 
 
 		 58 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.298561  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1364  ribosomal protein L30  55.17 
 
 		 58 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000295854  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  54.39 
 
 		 59 aa  65.5  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0719  ribosomal protein L30  59.32 
 
 		 59 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.545555  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00008814  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000211905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000437518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000462232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 60 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000032367  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 61 aa  62.4  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 60 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138401  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0726  ribosomal protein L30  52.94 
 
 		 57 aa  61.6  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0489347  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  60.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 61 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 61 aa  60.5  0.000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  56.14 
 
 		 58 aa  60.1  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 		 59 aa  60.5  0.000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1633  ribosomal protein L30  53.57 
 
 		 61 aa  59.7  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 		 58 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 61 aa  59.7  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 		 58 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 75 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  0.0000650866 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 60 aa  58.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  50 
 
 		 61 aa  58.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 60 aa  58.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  45.45 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  42.11 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  47.27 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 60 aa  57.4  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  52 
 
 		 65 aa  57.8  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  40.68 
 
 		 60 aa  57.4  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000836724  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2354  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230884  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  45.61 
 
 		 65 aa  57  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 62 aa  57  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 62 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  52.83 
 
 		 65 aa  56.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2383  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  56.6  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000813224  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 64 aa  56.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1573  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0153728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2442  50S ribosomal protein L30P  44.64 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.96892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  55.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 58 aa  55.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1165  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0238575  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  48.15 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0678  ribosomal protein L30  45.61 
 
 		 58 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  43.86 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2151  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0556857  normal  0.316331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1244  50S ribosomal protein L30P  41.82 
 
 		 74 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0186097  hitchhiker  0.00279952 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1660  50S ribosomal protein L30  52.08 
 
 		 66 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0512688  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2306  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 62 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1929  50S ribosomal protein L30  38.6 
 
 		 79 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.630046 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  48.15 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000664675  unclonable  0.000000038279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 61 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2516  50S ribosomal protein L30  46 
 
 		 62 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0379  50S ribosomal protein L30  46 
 
 		 62 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1951  50S ribosomal protein L30  38.6 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0423  50S ribosomal protein L30  44.44 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.60192  normal  0.209018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1928  50S ribosomal protein L30  38.6 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  43.4 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  46.3 
 
 		 65 aa  53.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000000859668  hitchhiker  0.00000207421 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  48.15 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05810  ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 59 aa  53.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  45.45 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>