290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3310 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0951  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 59 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0200139  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3310  50S ribosomal protein L30  100 
 
 		 59 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000129618 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1084  50S ribosomal protein L30  66.1 
 
 		 59 aa  84  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.055199  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2839  50S ribosomal protein L30  64.41 
 
 		 59 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0644  50S ribosomal protein L30  62.71 
 
 		 59 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000104871  hitchhiker  0.000000231079 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0719  ribosomal protein L30  55.93 
 
 		 59 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.545555  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  58.62 
 
 		 61 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 59 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1364  ribosomal protein L30  50 
 
 		 58 aa  62  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000295854  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0726  ribosomal protein L30  56.86 
 
 		 57 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0489347  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  56.14 
 
 		 59 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0698  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 58 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.298561  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  52.63 
 
 		 58 aa  58.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0345  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0515  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181031  unclonable  0.0000000000137591 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  52.63 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 62 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 58 aa  57.4  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 66 aa  57.8  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 58 aa  57.4  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0678  ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 58 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  52.63 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 63 aa  57.4  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  57  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 61 aa  57  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  57  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  57  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 		 62 aa  57  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000491198  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 61 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  54.55 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  56.6  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  50.91 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4780  ribosomal protein L30  56.25 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.986627  hitchhiker  0.000000475085 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  0.0000650866 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 58 aa  55.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 65 aa  54.7  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2921  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000749762  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 64 aa  54.3  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 63 aa  54.7  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 62 aa  53.9  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2354  ribosomal protein L30  52.73 
 
 		 61 aa  53.9  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230884  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  46.3 
 
 		 65 aa  53.9  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000000859668  hitchhiker  0.00000207421 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 59 aa  52.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  45.61 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  54 
 
 		 65 aa  53.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  53.5  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1573  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0153728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  49.06 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00008814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000462232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2442  50S ribosomal protein L30P  50 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.96892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 62 aa  52.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1563  50S ribosomal protein L30  50.94 
 
 		 64 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.17266  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 60 aa  52  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0212  LSU ribosomal protein L30P  51.79 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161029  normal  0.28126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>