83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0563 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0563  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 		 70 aa  141  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.978670000000001e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2707  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  48.39 
 
 		 73 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.670596  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3953  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50 
 
 		 72 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000616189  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1666  iron-sulfur cluster-binding protein  53.57 
 
 		 76 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.127853  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4119  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  47.37 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3280  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50 
 
 		 86 aa  53.9  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00156646 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1611  hypothetical protein  41.94 
 
 		 160 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000553331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0978  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.61 
 
 		 848 aa  47.8  0.00005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000062571  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  43.08 
 
 		 572 aa  47.4  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1409  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  46.15 
 
 		 288 aa  47  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00176124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1569  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  47.14 
 
 		 431 aa  47.4  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433482  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1310  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.18 
 
 		 85 aa  47.4  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1565  iron-sulfur cluster-binding protein  35.94 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000782639  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1326  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  38.6 
 
 		 498 aa  45.8  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137293  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0557  sulfite reductase, subunit C  40.32 
 
 		 322 aa  45.1  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0216  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  47.83 
 
 		 334 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.417368  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1192  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.29 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2219  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.5 
 
 		 373 aa  43.9  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18380  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35 
 
 		 287 aa  43.9  0.0008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.26924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  33.33 
 
 		 432 aa  43.9  0.0009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1709  pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, gamma subunit  37.7 
 
 		 339 aa  43.9  0.0009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0681484  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0468  signal-transduction protein  38.46 
 
 		 326 aa  43.1  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.125396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0010  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.72 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0242  Coenzyme F420 hydrogenase  36.84 
 
 		 538 aa  43.1  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4153  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2603  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.73 
 
 		 357 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.31548 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0730  pyruvate--ferredoxin (flavodoxin) oxidoreductase  33.33 
 
 		 1208 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0010  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.48 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1811  ferredoxin  37.93 
 
 		 64 aa  42.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.243478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2322  4Fe-4S binding domain protein  36.73 
 
 		 357 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 627 aa  42.7  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0445  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.68 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0391  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.68 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.292001 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  33.33 
 
 		 1385 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3087  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.37 
 
 		 67 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000309533  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0272  adenylylsulfate reductase, beta subunit  39.68 
 
 		 161 aa  42  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000000000553885  hitchhiker  0.000000190129 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3425  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.32 
 
 		 82 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.121057  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0012  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.6 
 
 		 290 aa  42.4  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2636  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein  36.84 
 
 		 1192 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0143  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.21 
 
 		 1010 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.91 
 
 		 893 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.22 
 
 		 369 aa  41.6  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.682287  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2310  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.67 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000175687  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1334  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  40.68 
 
 		 396 aa  41.2  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1174  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.64 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.46083e-34 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.51 
 
 		 966 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2371  F420H2 dehydrogenase subunit F  36.36 
 
 		 343 aa  41.6  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0795  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 642 aa  41.2  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  30.65 
 
 		 411 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.92 
 
 		 1000 aa  41.2  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0889  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.66 
 
 		 62 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.432587  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 951 aa  41.2  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0032  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.89 
 
 		 61 aa  41.2  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1410  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  37.1 
 
 		 56 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000386178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.3 
 
 		 347 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000191107  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2364  protein of unknown function DUF362  36.07 
 
 		 376 aa  40.8  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1230  ferredoxin III, nif-specific  32.81 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000308557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  30.65 
 
 		 411 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  30.65 
 
 		 411 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  30.65 
 
 		 411 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2418  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  38.6 
 
 		 652 aa  40.8  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  41.54 
 
 		 572 aa  40.8  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0042  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  25 
 
 		 738 aa  40.8  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2148  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.84 
 
 		 508 aa  40.8  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.4  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1103  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.66 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0137  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.48 
 
 		 1010 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1929  hypothetical protein  40.82 
 
 		 633 aa  40.4  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.986915  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0318  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  36.84 
 
 		 175 aa  40.4  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188751  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.26 
 
 		 411 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3449  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.98 
 
 		 437 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591903  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1398  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 57 aa  40.4  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0588445  normal  0.318627 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0612  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 752 aa  40.4  0.009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1862  keto/oxoacid ferredoxin oxidoreductase subunit  35 
 
 		 67 aa  40.4  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00222971  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3029  dihydropyrimidine dehydrogenase  40.98 
 
 		 437 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00152592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0013  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 		 282 aa  40  0.01  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>