79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3280 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3280  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  100 
 
 
86 aa  176  9e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00156646 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4119  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  49.33 
 
 
89 aa  72  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4153  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  53.73 
 
 
77 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0010  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  53.73 
 
 
77 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0010  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  52 
 
 
86 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1666  iron-sulfur cluster-binding protein  50.85 
 
 
76 aa  60.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.127853  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2707  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  49.15 
 
 
73 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.670596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0563  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  50 
 
 
70 aa  53.9  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.978670000000001e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3953  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50.91 
 
 
72 aa  53.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000616189  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0476  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.73 
 
 
455 aa  51.6  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.474236  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3578  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  42.86 
 
 
90 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.182494  normal  0.90179 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2807  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.23 
 
 
1012 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1447  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.23 
 
 
1012 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1611  hypothetical protein  43.33 
 
 
160 aa  48.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000553331  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2219  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.07 
 
 
373 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0553  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F  36 
 
 
436 aa  45.4  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.238228  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1469  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.62 
 
 
87 aa  45.8  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2310  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.94 
 
 
70 aa  46.2  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000175687  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.71 
 
 
369 aa  45.1  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2084  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  36.23 
 
 
1014 aa  45.4  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00141565  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  30.16 
 
 
363 aa  45.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1862  keto/oxoacid ferredoxin oxidoreductase subunit  38.1 
 
 
67 aa  44.7  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00222971  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1371  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.68 
 
 
92 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2588  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F  34.67 
 
 
486 aa  44.3  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.228886 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1179  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.34 
 
 
557 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1409  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.94 
 
 
288 aa  43.9  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00176124  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1813  ferredoxin, 4Fe-4S  39.68 
 
 
75 aa  43.5  0.0009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0557  sulfite reductase, subunit C  33.33 
 
 
322 aa  43.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1537  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.24 
 
 
100 aa  43.5  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000339298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1687  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.51 
 
 
293 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0181  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.15 
 
 
355 aa  43.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000413474  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0551  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.78 
 
 
425 aa  43.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0879  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.23 
 
 
88 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.638489  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0265  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  34.62 
 
 
427 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  37.04 
 
 
623 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1306  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase, delta subunit  39.68 
 
 
70 aa  43.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000902079  normal  0.0568667 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0491  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.46 
 
 
352 aa  42.4  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0092  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.38 
 
 
80 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.84715  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1885  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.89 
 
 
1016 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.5 
 
 
289 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03080  hypothetical protein  36.23 
 
 
377 aa  42.4  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4103  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.72 
 
 
367 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000179459  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1157  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  32.47 
 
 
177 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1691  anaerobic sulfite reductase, subunit C  34.38 
 
 
326 aa  42.4  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0354563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1425  anaerobic sulfite reductase, subunit C  34.38 
 
 
326 aa  42.4  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.199179  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0647  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.82 
 
 
374 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0634  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.18 
 
 
354 aa  42.4  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0626  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.33 
 
 
389 aa  42.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0651793  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2063  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.23 
 
 
385 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000008917  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1706  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.06 
 
 
68 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0318  protein of unknown function DUF362  27.14 
 
 
398 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.867242 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2418  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.81 
 
 
652 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  34.43 
 
 
432 aa  42  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1474  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.1 
 
 
77 aa  41.6  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0324  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
652 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.574765 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
597 aa  41.6  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2861  indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase, alpha subunit  35.48 
 
 
589 aa  41.2  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1774  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  36.51 
 
 
205 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1983  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.81 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0686679  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1811  2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase, delta subunit  34.67 
 
 
94 aa  41.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2122  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.46 
 
 
421 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00612142  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0302  indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase, alpha subunit  32 
 
 
629 aa  41.2  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0828  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.33 
 
 
652 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0237  hypothetical protein  34.72 
 
 
93 aa  41.6  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.903912 
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  35.19 
 
 
623 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2281  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.98 
 
 
333 aa  41.2  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000264067  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1893  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.18 
 
 
90 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0637418 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0946  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.21 
 
 
577 aa  40.8  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1553  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.55 
 
 
438 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.371983 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1875  protein of unknown function DUF169  37.93 
 
 
319 aa  40.4  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1876  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  33.87 
 
 
293 aa  40.8  0.007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0627  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.72 
 
 
90 aa  40.8  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.132482  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1277  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.84 
 
 
1005 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.404382 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0978  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.85 
 
 
848 aa  40.4  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000062571  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0238  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F  33.33 
 
 
387 aa  40.4  0.009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.66964 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  36.54 
 
 
636 aa  40  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1717  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.33 
 
 
369 aa  40  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.682287  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0261  pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, delta subunit  37.1 
 
 
92 aa  40  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3408  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.88 
 
 
292 aa  40  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0328057 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>