More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2714 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2714  tRNA-adenosine deaminase  100 
 
 
196 aa  398  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.227671  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.05 
 
 
165 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.617159  normal  0.0212463 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0202  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.95 
 
 
153 aa  156  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36880  tRNA-adenosine deaminase  57.81 
 
 
147 aa  154  8e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.699352  normal  0.0665453 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  57.14 
 
 
168 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  59.46 
 
 
152 aa  151  5.9999999999999996e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5985  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.1 
 
 
144 aa  150  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.755307  normal  0.455465 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0357  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.14 
 
 
154 aa  148  4e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  60.32 
 
 
144 aa  148  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  59.68 
 
 
154 aa  147  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0280  tRNA-adenosine deaminase  53.42 
 
 
176 aa  145  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0483  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  48.17 
 
 
176 aa  142  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.705581 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0027  tRNA-adenosine deaminase  59.59 
 
 
150 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0798  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.99 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0645  tRNA-adenosine deaminase  45.81 
 
 
167 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.954109  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5594  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  54.69 
 
 
166 aa  137  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04500  tRNA-adenosine deaminase  59.48 
 
 
147 aa  136  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.134808 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0518  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.97 
 
 
158 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.63405  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8570  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.09 
 
 
157 aa  132  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00354903  normal  0.0468884 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0469  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  59.68 
 
 
144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.176891  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0471  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.2 
 
 
154 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1214  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.12 
 
 
149 aa  128  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.84513  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0534  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.9 
 
 
159 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4048  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  53.91 
 
 
144 aa  127  8.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0208  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.24 
 
 
190 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.672477  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  47.52 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000142338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3524  tRNA-adenosine deaminase  45.77 
 
 
171 aa  125  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0277  tRNA-adenosine deaminase  53.9 
 
 
143 aa  126  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.681033  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6533  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60 
 
 
185 aa  125  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.13 
 
 
154 aa  124  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03330  tRNA-adenosine deaminase  48.73 
 
 
168 aa  124  8.000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0171  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  55.2 
 
 
160 aa  124  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.681165  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  45.77 
 
 
161 aa  124  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  46.9 
 
 
166 aa  124  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1482  cytosine/adenosine deaminase  45.21 
 
 
149 aa  123  2e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13784  cytidine/deoxycytidylate deaminase  58.77 
 
 
152 aa  123  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.507969 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5048  tRNA-adenosine deaminase  57.03 
 
 
150 aa  121  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5341  tRNA-adenosine deaminase  57.03 
 
 
150 aa  121  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.359927  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4960  tRNA-adenosine deaminase  57.03 
 
 
150 aa  121  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.28731  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1413  tRNA-adenosine deaminase  44.44 
 
 
156 aa  120  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.96 
 
 
166 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3629  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.25 
 
 
166 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03340  tRNA-adenosine deaminase  58.47 
 
 
162 aa  117  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  43.75 
 
 
165 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.25 
 
 
176 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  43.92 
 
 
151 aa  115  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0065  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  46.4 
 
 
179 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.289308  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4829  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.71 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.47 
 
 
148 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  44.37 
 
 
156 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.36 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.47 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0310  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  52.8 
 
 
143 aa  112  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.47 
 
 
166 aa  112  4.0000000000000004e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1340  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region  42.55 
 
 
153 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.296989 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  45.45 
 
 
151 aa  111  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3111  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.38 
 
 
157 aa  111  8.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00240862  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1819  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein, putative  38.36 
 
 
172 aa  111  9e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000174201  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44 
 
 
164 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0616301  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  45.6 
 
 
164 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.387948  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0017  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  41.55 
 
 
151 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.484063  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  44 
 
 
170 aa  109  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  42.66 
 
 
158 aa  109  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  44 
 
 
166 aa  108  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0400  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  39.6 
 
 
168 aa  108  5e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000750433  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0020  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  44 
 
 
166 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44 
 
 
166 aa  108  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  44 
 
 
166 aa  108  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.125537  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5296  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  44 
 
 
166 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000172102  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  36.11 
 
 
160 aa  107  7.000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44 
 
 
166 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.736614  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0088  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.23 
 
 
167 aa  107  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  41.96 
 
 
155 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  46.48 
 
 
150 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0019  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  43.2 
 
 
166 aa  106  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0510921  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0024  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  43.2 
 
 
166 aa  106  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000145543  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0204  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  38.89 
 
 
168 aa  105  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.938161  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  44.35 
 
 
166 aa  105  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  44.59 
 
 
168 aa  105  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0760  hypothetical protein  38.51 
 
 
155 aa  105  3e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000743067  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3669  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  39.44 
 
 
182 aa  105  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408377  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2142  tRNA-adenosine deaminase  42.55 
 
 
147 aa  105  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  40 
 
 
159 aa  105  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  42.67 
 
 
165 aa  105  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  41.3 
 
 
143 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.06 
 
 
170 aa  104  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.86 
 
 
156 aa  104  9e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.86 
 
 
156 aa  104  9e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0037  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  41.3 
 
 
143 aa  104  9e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.75 
 
 
168 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  43.45 
 
 
200 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.71 
 
 
475 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  42.07 
 
 
167 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0327  putative deaminase  49.19 
 
 
159 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.69995e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  44.14 
 
 
172 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  44.14 
 
 
172 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  43.45 
 
 
187 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  43.45 
 
 
200 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1315  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.43 
 
 
163 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.847285  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4089  tRNA-adenosine deaminase  40 
 
 
156 aa  103  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0226545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>