More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0280 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0280  tRNA-adenosine deaminase  100 
 
 
176 aa  343  8e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4941  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  72.79 
 
 
168 aa  209  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2018  tRNA-adenosine deaminase  74.13 
 
 
144 aa  205  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6533  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  74.05 
 
 
185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3536  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  70.07 
 
 
152 aa  184  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9319  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  70.31 
 
 
154 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0645  tRNA-adenosine deaminase  60.65 
 
 
167 aa  174  8e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.954109  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04500  tRNA-adenosine deaminase  67.59 
 
 
147 aa  172  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.134808 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0471  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  69.77 
 
 
154 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0027  tRNA-adenosine deaminase  66.22 
 
 
150 aa  169  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0483  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  64.58 
 
 
176 aa  167  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.705581 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36880  tRNA-adenosine deaminase  63.01 
 
 
147 aa  166  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.699352  normal  0.0665453 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  63.64 
 
 
154 aa  166  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0277  tRNA-adenosine deaminase  65.03 
 
 
143 aa  165  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.681033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3524  tRNA-adenosine deaminase  59.29 
 
 
171 aa  165  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0055  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.41 
 
 
176 aa  165  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0518  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.22 
 
 
158 aa  162  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.63405  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4048  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  63.45 
 
 
144 aa  161  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3563  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.74 
 
 
166 aa  161  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0230  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  66.94 
 
 
165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.617159  normal  0.0212463 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0469  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.23 
 
 
144 aa  161  6e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.176891  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4829  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  62.82 
 
 
160 aa  160  9e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5594  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  65.12 
 
 
166 aa  159  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3629  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.42 
 
 
166 aa  159  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0202  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  64.84 
 
 
153 aa  159  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0208  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  63.64 
 
 
190 aa  154  5.0000000000000005e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.672477  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  51.35 
 
 
159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1214  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  64.34 
 
 
149 aa  154  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.84513  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3111  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.15 
 
 
157 aa  152  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00240862  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0065  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  56.59 
 
 
179 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.289308  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.66 
 
 
165 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0534  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.46 
 
 
159 aa  151  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3696  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.79 
 
 
183 aa  151  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0595885  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.68 
 
 
152 aa  151  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0357  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.81 
 
 
154 aa  150  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0025  tRNA-adenosine deaminase  56.16 
 
 
150 aa  150  8.999999999999999e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000596631  hitchhiker  0.00000110312 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0367  cytosine/adenosine deaminase  45.95 
 
 
160 aa  150  8.999999999999999e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000211246 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5296  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  48.03 
 
 
166 aa  150  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000172102  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.34 
 
 
166 aa  149  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.14 
 
 
150 aa  148  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0019  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  49.66 
 
 
166 aa  149  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0510921  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  48.97 
 
 
166 aa  148  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3638  tRNA-adenosine deaminase  60.28 
 
 
160 aa  148  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5985  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  58.02 
 
 
144 aa  148  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.755307  normal  0.455465 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.47 
 
 
156 aa  147  7e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.34 
 
 
164 aa  147  7e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0616301  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0024  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  48.97 
 
 
166 aa  147  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000145543  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03330  tRNA-adenosine deaminase  61.19 
 
 
168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.55 
 
 
158 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2131  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.71 
 
 
151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000198227  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0325  tRNA-adenosine deaminase  51.08 
 
 
170 aa  146  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00296157  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3779  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.04 
 
 
154 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142761  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0018  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.59 
 
 
160 aa  145  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000222669  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2714  tRNA-adenosine deaminase  53.42 
 
 
196 aa  145  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.227671  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0798  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.83 
 
 
168 aa  145  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0020  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  48.97 
 
 
166 aa  144  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.97 
 
 
166 aa  144  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  48.97 
 
 
166 aa  144  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.125537  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  48.97 
 
 
166 aa  144  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.95 
 
 
152 aa  144  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0013  hypothetical protein  51.39 
 
 
151 aa  144  6e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000252281  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0190  cytosine deaminase, putative  48.65 
 
 
153 aa  144  7.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.559355  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52.82 
 
 
148 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000143091  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1680  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.64 
 
 
142 aa  144  9e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0174432  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2502  tRNA-adenosine deaminase  48.03 
 
 
161 aa  143  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211119  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13784  cytidine/deoxycytidylate deaminase  66.95 
 
 
152 aa  143  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.507969 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0018  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  48.28 
 
 
166 aa  142  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.736614  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  49.06 
 
 
155 aa  143  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0777  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 
155 aa  143  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1603  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.24 
 
 
161 aa  142  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0633824  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0088  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.32 
 
 
167 aa  142  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1819  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein, putative  44.76 
 
 
172 aa  142  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000174201  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0171  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  65.62 
 
 
160 aa  142  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.681165  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0017  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.64 
 
 
164 aa  142  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.387948  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03340  tRNA-adenosine deaminase  65.55 
 
 
162 aa  142  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0400  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44.44 
 
 
168 aa  141  4e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000750433  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1942  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.31 
 
 
152 aa  141  4e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1482  cytosine/adenosine deaminase  48.65 
 
 
149 aa  141  4e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0017  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.94 
 
 
151 aa  141  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.484063  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50.7 
 
 
181 aa  140  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000142338  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8570  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.35 
 
 
157 aa  140  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00354903  normal  0.0468884 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  50.35 
 
 
177 aa  140  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2030  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.35 
 
 
146 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000721347  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1340  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region  47.65 
 
 
153 aa  140  9.999999999999999e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.296989 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00130  tRNA-adenosine deaminase  49.65 
 
 
172 aa  140  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6871  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  56.62 
 
 
147 aa  140  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.385283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4191  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.34 
 
 
159 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4960  tRNA-adenosine deaminase  65.89 
 
 
150 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.28731  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5341  tRNA-adenosine deaminase  65.89 
 
 
150 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.359927  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5048  tRNA-adenosine deaminase  65.89 
 
 
150 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  49.34 
 
 
189 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2788  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.75 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0654304  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0624  tRNA-adenosine deaminase  45.83 
 
 
153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0595  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  48.25 
 
 
156 aa  138  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  49.65 
 
 
166 aa  139  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0581  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  48.25 
 
 
156 aa  138  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.679154  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4304  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.68 
 
 
160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0110494  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0608  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  47.3 
 
 
154 aa  138  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.740984  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  50 
 
 
162 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3440  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.86 
 
 
152 aa  137  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>