125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2267 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2267  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 131 aa  254  2e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0115008  hitchhiker  0.00542384 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  45.04 
 
 		 291 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  43.41 
 
 		 291 aa  110  8.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1446  transcriptional regulator, XRE family  38.28 
 
 		 276 aa  96.3  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0731579  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0418  transcriptional regulator, XRE family  39.85 
 
 		 293 aa  93.2  9e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  36.72 
 
 		 293 aa  89  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  33.07 
 
 		 278 aa  84.3  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  33.07 
 
 		 291 aa  74.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 288 aa  72  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.65 
 
 		 283 aa  70.9  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0707  hypothetical protein  32.81 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3742  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.466202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  32.23 
 
 		 288 aa  68.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  35.45 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  33.33 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 		 291 aa  64.7  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  63.9  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  35.29 
 
 		 284 aa  64.3  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  32.03 
 
 		 285 aa  64.3  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3365  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 286 aa  63.9  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818505 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  31.25 
 
 		 283 aa  63.5  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  32.46 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  33.04 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  31.78 
 
 		 282 aa  62.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  31.2 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 281 aa  62  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 285 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.46 
 
 		 284 aa  60.8  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 		 284 aa  61.2  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 296 aa  60.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  36 
 
 		 294 aa  60.5  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  33.07 
 
 		 287 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  31.86 
 
 		 281 aa  60.1  0.000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6373  hypothetical protein  37.39 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  30.47 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.46 
 
 		 292 aa  58.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  31.25 
 
 		 282 aa  58.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  36.21 
 
 		 291 aa  57.4  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  28.81 
 
 		 284 aa  57  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  32.77 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  34.13 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 		 287 aa  55.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  29.17 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  28.68 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5038  helix-turn-helix domain protein  34.55 
 
 		 287 aa  55.1  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  34.15 
 
 		 274 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  29.36 
 
 		 297 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  28.45 
 
 		 279 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  27.78 
 
 		 292 aa  54.7  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 293 aa  53.9  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 291 aa  53.9  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 292 aa  52.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 290 aa  53.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  33.64 
 
 		 284 aa  53.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 		 287 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  33.06 
 
 		 284 aa  53.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.27 
 
 		 278 aa  52.4  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  29.92 
 
 		 274 aa  52.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4907  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 271 aa  52  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.460606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 280 aa  52  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  30.08 
 
 		 287 aa  51.6  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 285 aa  51.6  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  29.27 
 
 		 303 aa  51.2  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 290 aa  50.8  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 299 aa  50.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 328 aa  50.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  32.04 
 
 		 280 aa  50.4  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 		 286 aa  50.4  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  28.45 
 
 		 286 aa  50.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  35.64 
 
 		 309 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  27.73 
 
 		 288 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 290 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0977  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.69 
 
 		 282 aa  49.3  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 		 410 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 278 aa  49.3  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  25.86 
 
 		 288 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 282 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 		 276 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  29.06 
 
 		 302 aa  47.4  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 267 aa  47.4  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  31.58 
 
 		 301 aa  47.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  30.7 
 
 		 287 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 295 aa  47.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  30.21 
 
 		 300 aa  47.4  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  27.35 
 
 		 308 aa  47  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 284 aa  47  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  27.12 
 
 		 278 aa  47  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 293 aa  47  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.57 
 
 		 279 aa  46.6  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  27.07 
 
 		 297 aa  45.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  27.69 
 
 		 293 aa  46.2  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 278 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  27.91 
 
 		 269 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 289 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  27.2 
 
 		 290 aa  45.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>