More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2237 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2237  hydantoinase/oxoprolinase  100 
 
 
638 aa  1274    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.570918  normal  0.102983 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2509  hydantoinase/oxoprolinase  41.23 
 
 
637 aa  475  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.212275  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4896  hydantoinase/oxoprolinase  43.26 
 
 
634 aa  474  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833131  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1204  hydantoinase/oxoprolinase  42.97 
 
 
665 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114789  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1149  hydantoinase/oxoprolinase  42.97 
 
 
627 aa  468  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129864  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1451  hydantoinase/oxoprolinase family protein  39.19 
 
 
639 aa  463  1e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.589264 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11410  acetophenone carboxylase  41.72 
 
 
645 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.488439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1165  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.42 
 
 
645 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4362  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.67 
 
 
643 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1831  hydantoinase/oxoprolinase  40.9 
 
 
638 aa  431  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1338  hydantoinase/oxoprolinase  40.18 
 
 
643 aa  422  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1850  hydantoinase/oxoprolinase  34.35 
 
 
647 aa  303  7.000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1833  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.64 
 
 
731 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2239  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.27 
 
 
708 aa  271  4e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11390  acetophenone carboxylase  31.09 
 
 
711 aa  266  8.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.49 
 
 
726 aa  263  8e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1163  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.56 
 
 
711 aa  261  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1151  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.66 
 
 
710 aa  249  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1206  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.24 
 
 
725 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2507  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.89 
 
 
708 aa  248  3e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4898  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.67 
 
 
709 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466599  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4360  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.04 
 
 
708 aa  239  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1449  acetone carboxylase beta subunit  32.26 
 
 
712 aa  231  4e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.667418 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.96 
 
 
680 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.33 
 
 
676 aa  228  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  35.07 
 
 
686 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.08 
 
 
676 aa  214  5.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.66 
 
 
658 aa  210  5e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.29 
 
 
694 aa  210  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.12 
 
 
692 aa  207  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.53 
 
 
683 aa  207  7e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  27.98 
 
 
676 aa  206  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.14 
 
 
682 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  28.22 
 
 
681 aa  205  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  28.65 
 
 
660 aa  204  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.96 
 
 
706 aa  204  4e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.77 
 
 
765 aa  202  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.5 
 
 
701 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.86 
 
 
692 aa  201  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2644  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.71 
 
 
651 aa  200  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.39 
 
 
698 aa  200  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.05 
 
 
692 aa  200  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  28.55 
 
 
680 aa  199  9e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  30.2 
 
 
694 aa  197  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  28.68 
 
 
678 aa  197  7e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1473  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.9 
 
 
687 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.41 
 
 
684 aa  195  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.62 
 
 
683 aa  194  4e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.02 
 
 
687 aa  194  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.76 
 
 
680 aa  192  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.46 
 
 
678 aa  190  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.71 
 
 
707 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.69 
 
 
663 aa  188  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  31.63 
 
 
673 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.27 
 
 
682 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.59 
 
 
672 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  27.52 
 
 
672 aa  187  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.14 
 
 
690 aa  187  6e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.16 
 
 
661 aa  186  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0321  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.52 
 
 
652 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.29 
 
 
679 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.25 
 
 
701 aa  182  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.1 
 
 
704 aa  183  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.8 
 
 
691 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.21 
 
 
673 aa  181  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.29 
 
 
681 aa  181  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4263  hydantoinase/oxoprolinase  26.26 
 
 
723 aa  180  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.09 
 
 
681 aa  179  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6223  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.57 
 
 
690 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220681  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.52 
 
 
684 aa  179  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.18 
 
 
657 aa  179  1e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.21 
 
 
687 aa  178  3e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.63 
 
 
711 aa  178  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33 
 
 
691 aa  177  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.1 
 
 
702 aa  177  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  27.73 
 
 
687 aa  177  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1857  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.94 
 
 
674 aa  177  5e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0444045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.29 
 
 
702 aa  176  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6263  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.45 
 
 
673 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.45 
 
 
707 aa  176  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.03 
 
 
739 aa  175  1.9999999999999998e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.52 
 
 
680 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.68 
 
 
765 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.49 
 
 
694 aa  175  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.06 
 
 
674 aa  174  5e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  28.95 
 
 
679 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.92 
 
 
690 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.43 
 
 
690 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6150  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.9 
 
 
714 aa  171  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.353308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.12 
 
 
688 aa  171  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.84 
 
 
712 aa  171  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.36 
 
 
694 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.65 
 
 
694 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.83 
 
 
662 aa  169  2e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  29.55 
 
 
698 aa  167  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.22 
 
 
694 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3731  hydantoinase/oxoprolinase  29.94 
 
 
692 aa  167  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3605  hydantoinase/oxoprolinase  25.18 
 
 
717 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.995812  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5834  hydantoin utilization protein  31.55 
 
 
687 aa  167  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302011  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.35 
 
 
690 aa  166  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>