More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2239 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1163  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  58.68 
 
 
711 aa  857    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1151  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  60.56 
 
 
710 aa  890    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4360  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  57.28 
 
 
708 aa  823    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1449  acetone carboxylase beta subunit  51.05 
 
 
712 aa  746    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.667418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11390  acetophenone carboxylase  57.32 
 
 
711 aa  847    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4898  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  56.47 
 
 
709 aa  796    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466599  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1206  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  57.34 
 
 
725 aa  837    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2239  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
708 aa  1455    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2507  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  55.4 
 
 
708 aa  791    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1833  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  55.01 
 
 
731 aa  816    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.72 
 
 
726 aa  514  1e-144  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1341  hydantoinase/oxoprolinase  54.52 
 
 
450 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49044  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.85 
 
 
706 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.43 
 
 
674 aa  324  4e-87  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.32 
 
 
765 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.17 
 
 
701 aa  313  6.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.61 
 
 
704 aa  305  1.0000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4263  hydantoinase/oxoprolinase  28.63 
 
 
723 aa  300  7e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.86 
 
 
687 aa  299  1e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3717  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.74 
 
 
709 aa  298  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112806  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.58 
 
 
702 aa  298  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1778  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.98 
 
 
715 aa  296  7e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0943  hydantoinase/oxoprolinase  28.79 
 
 
715 aa  296  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20910  Acetone carboxylase beta subunit; AcxA  28.88 
 
 
717 aa  296  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3471  Hydantoinase/oxoprolinase  28.55 
 
 
716 aa  293  8e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.03 
 
 
711 aa  292  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.1 
 
 
676 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6172  acetone carboxylase, beta subunit  28.11 
 
 
714 aa  291  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1031  acetone carboxylase, beta subunit  28.53 
 
 
717 aa  290  9e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.860062  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.17 
 
 
715 aa  289  1e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.77 
 
 
684 aa  286  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6150  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.75 
 
 
714 aa  286  9e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.353308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  32.69 
 
 
685 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.73 
 
 
690 aa  284  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4105  acetone carboxylase subunit beta  28.31 
 
 
722 aa  283  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.68 
 
 
692 aa  283  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.95 
 
 
682 aa  282  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1018  acetone carboxylase, beta subunit  27.61 
 
 
715 aa  282  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3605  hydantoinase/oxoprolinase  27.51 
 
 
717 aa  282  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.995812  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5523  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.38 
 
 
717 aa  279  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.089614 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.15 
 
 
694 aa  279  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.96 
 
 
683 aa  276  1.0000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.91 
 
 
721 aa  276  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.35 
 
 
712 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
690 aa  274  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2529  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.15 
 
 
685 aa  274  4.0000000000000004e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413249  normal  0.693617 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.2 
 
 
681 aa  273  7e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.93 
 
 
684 aa  273  9e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2509  hydantoinase/oxoprolinase  30.08 
 
 
637 aa  271  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.212275  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.28 
 
 
684 aa  268  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.88 
 
 
680 aa  267  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3509  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.52 
 
 
717 aa  267  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697266  normal  0.425504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.94 
 
 
706 aa  267  5e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.38 
 
 
681 aa  267  5.999999999999999e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.32 
 
 
698 aa  266  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.47 
 
 
691 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  31.46 
 
 
694 aa  264  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.1 
 
 
690 aa  264  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  31.83 
 
 
679 aa  263  8e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.47 
 
 
701 aa  262  1e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2237  hydantoinase/oxoprolinase  30.27 
 
 
638 aa  261  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.570918  normal  0.102983 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.28 
 
 
739 aa  261  3e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  30.37 
 
 
681 aa  261  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.51 
 
 
765 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  30.98 
 
 
686 aa  259  8e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.06 
 
 
684 aa  259  9e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  30.94 
 
 
698 aa  258  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.57 
 
 
690 aa  258  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.77 
 
 
692 aa  258  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.81 
 
 
676 aa  257  6e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.18 
 
 
676 aa  257  7e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1165  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.04 
 
 
645 aa  256  8e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  29.01 
 
 
680 aa  256  8e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11410  acetophenone carboxylase  33.09 
 
 
645 aa  256  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.488439  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.49 
 
 
691 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.32 
 
 
683 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.19 
 
 
682 aa  255  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.24 
 
 
680 aa  255  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.42 
 
 
707 aa  254  5.000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.81 
 
 
687 aa  254  5.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.6 
 
 
693 aa  253  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.19 
 
 
680 aa  253  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.25 
 
 
680 aa  253  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.45 
 
 
692 aa  252  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1149  hydantoinase/oxoprolinase  30.45 
 
 
627 aa  252  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129864  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.89 
 
 
690 aa  251  3e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0691  hydantoin utilization protein A  33.01 
 
 
689 aa  250  5e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167885  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1850  hydantoinase/oxoprolinase  27.61 
 
 
647 aa  249  1e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.32 
 
 
693 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  28.73 
 
 
678 aa  246  9e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.07 
 
 
694 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  28.95 
 
 
676 aa  246  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  28.98 
 
 
660 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.78 
 
 
690 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  30.47 
 
 
673 aa  244  3.9999999999999997e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2177  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.14 
 
 
1206 aa  244  5e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4896  hydantoinase/oxoprolinase  32.6 
 
 
634 aa  242  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833131  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.57 
 
 
690 aa  242  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.85 
 
 
673 aa  242  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.59 
 
 
679 aa  242  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>