More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2507 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1449  acetone carboxylase beta subunit  68.36 
 
 
712 aa  1047    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.667418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1833  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  53.37 
 
 
731 aa  788    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4360  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  61.24 
 
 
708 aa  890    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1206  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  58.9 
 
 
725 aa  840    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11390  acetophenone carboxylase  61.69 
 
 
711 aa  907    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2239  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  55.4 
 
 
708 aa  791    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2507  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
708 aa  1451    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1151  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  59.66 
 
 
710 aa  870    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1163  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  60.7 
 
 
711 aa  898    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4898  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  88.01 
 
 
709 aa  1299    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466599  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1341  hydantoinase/oxoprolinase  58.14 
 
 
450 aa  545  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49044  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.62 
 
 
726 aa  504  1e-141  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.19 
 
 
706 aa  312  1e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.35 
 
 
711 aa  308  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4263  hydantoinase/oxoprolinase  29.87 
 
 
723 aa  301  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.07 
 
 
765 aa  301  4e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.62 
 
 
682 aa  295  2e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.68 
 
 
674 aa  294  3e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20910  Acetone carboxylase beta subunit; AcxA  30.43 
 
 
717 aa  294  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.32 
 
 
704 aa  292  1e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3509  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.39 
 
 
717 aa  292  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697266  normal  0.425504 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.93 
 
 
691 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.01 
 
 
690 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.56 
 
 
715 aa  291  4e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.45 
 
 
693 aa  290  6e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.62 
 
 
676 aa  290  8e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
712 aa  289  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5523  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.66 
 
 
717 aa  288  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.089614 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.4 
 
 
690 aa  288  2.9999999999999996e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.62 
 
 
687 aa  288  2.9999999999999996e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1778  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.31 
 
 
715 aa  287  4e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3605  hydantoinase/oxoprolinase  28.86 
 
 
717 aa  287  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.995812  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.04 
 
 
684 aa  286  7e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.81 
 
 
690 aa  281  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0943  hydantoinase/oxoprolinase  29.31 
 
 
715 aa  281  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  31.56 
 
 
698 aa  281  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  33.76 
 
 
679 aa  281  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.57 
 
 
694 aa  280  5e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6150  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.56 
 
 
714 aa  279  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.353308 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  30.9 
 
 
681 aa  279  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.53 
 
 
701 aa  279  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  31.1 
 
 
680 aa  279  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.07 
 
 
680 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.87 
 
 
721 aa  278  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3471  Hydantoinase/oxoprolinase  29.65 
 
 
716 aa  278  3e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1031  acetone carboxylase, beta subunit  28.29 
 
 
717 aa  278  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.860062  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.63 
 
 
698 aa  277  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.14 
 
 
682 aa  276  7e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.87 
 
 
690 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.9 
 
 
662 aa  273  5.000000000000001e-72  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.84 
 
 
702 aa  273  7e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.15 
 
 
684 aa  273  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31 
 
 
702 aa  272  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.03 
 
 
684 aa  272  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.84 
 
 
684 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
661 aa  270  7e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.78 
 
 
680 aa  270  8e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.48 
 
 
676 aa  270  8.999999999999999e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.08 
 
 
692 aa  269  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3717  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.71 
 
 
709 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112806  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.73 
 
 
739 aa  269  2e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1018  acetone carboxylase, beta subunit  29.12 
 
 
715 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.39 
 
 
663 aa  268  2.9999999999999995e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  29.62 
 
 
694 aa  267  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.88 
 
 
707 aa  266  1e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6172  acetone carboxylase, beta subunit  28.51 
 
 
714 aa  264  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.17 
 
 
683 aa  263  8.999999999999999e-69  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  30.07 
 
 
676 aa  263  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.88 
 
 
765 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.14 
 
 
701 aa  261  4e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.89 
 
 
694 aa  260  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.14 
 
 
676 aa  260  6e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.89 
 
 
694 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4105  acetone carboxylase subunit beta  28.41 
 
 
722 aa  259  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  30.1 
 
 
660 aa  258  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.59 
 
 
683 aa  258  3e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  32.09 
 
 
686 aa  258  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.99 
 
 
707 aa  257  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.6 
 
 
694 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.73 
 
 
692 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.99 
 
 
691 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.59 
 
 
687 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01100  hypothetical 5-oxoprolinase (Eurofung)  28.75 
 
 
1355 aa  255  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0381114 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.11 
 
 
706 aa  254  3e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00009  hypothetical N-methylhydantoinase (Eurofung)  28.43 
 
 
1362 aa  254  4.0000000000000004e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00000169521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.29 
 
 
690 aa  254  4.0000000000000004e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.21 
 
 
694 aa  253  9.000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.1 
 
 
681 aa  252  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.02 
 
 
701 aa  251  3e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.02 
 
 
681 aa  251  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  30.51 
 
 
678 aa  251  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.39 
 
 
692 aa  251  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.96 
 
 
673 aa  250  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0472  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.83 
 
 
687 aa  250  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.71 
 
 
678 aa  249  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  30.46 
 
 
685 aa  249  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  30.67 
 
 
673 aa  247  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2942  5-oxoprolinase  32.35 
 
 
669 aa  246  9e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2177  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.59 
 
 
1206 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.77 
 
 
688 aa  245  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>