More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3307 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  70.28 
 
 
673 aa  974    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  53.27 
 
 
688 aa  680    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
673 aa  1351    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2942  5-oxoprolinase  51.85 
 
 
669 aa  602  1e-170  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.27 
 
 
676 aa  429  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.03 
 
 
683 aa  410  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.76 
 
 
680 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.01 
 
 
687 aa  404  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.23 
 
 
683 aa  400  9.999999999999999e-111  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.74 
 
 
676 aa  400  9.999999999999999e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.78 
 
 
701 aa  383  1e-105  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.15 
 
 
690 aa  376  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.08 
 
 
658 aa  376  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.68 
 
 
681 aa  376  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.55 
 
 
688 aa  375  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.58 
 
 
739 aa  373  1e-102  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.79 
 
 
680 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.59 
 
 
694 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.54 
 
 
681 aa  372  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.02 
 
 
694 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  37.73 
 
 
681 aa  367  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6263  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.87 
 
 
673 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.42 
 
 
692 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.58 
 
 
680 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.53 
 
 
690 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.96 
 
 
691 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.36 
 
 
672 aa  363  7.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  34.37 
 
 
680 aa  362  1e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.62 
 
 
684 aa  362  2e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.32 
 
 
674 aa  362  2e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.62 
 
 
698 aa  362  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.3 
 
 
663 aa  360  4e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  34.07 
 
 
672 aa  359  8e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5834  hydantoin utilization protein  33.95 
 
 
687 aa  358  1.9999999999999998e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  38 
 
 
706 aa  357  2.9999999999999997e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.22 
 
 
765 aa  357  5e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.97 
 
 
684 aa  356  7.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.13 
 
 
682 aa  355  2e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.15 
 
 
674 aa  355  2e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.19 
 
 
676 aa  354  4e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.79 
 
 
706 aa  352  8.999999999999999e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0678775  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  34.81 
 
 
676 aa  352  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  36.68 
 
 
687 aa  351  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.14 
 
 
707 aa  352  2e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1876  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.56 
 
 
690 aa  350  5e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.74 
 
 
648 aa  350  6e-95  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.96856  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8488  Hydantoinase/oxoprolinase  37.35 
 
 
682 aa  349  8e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.593385  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.33 
 
 
684 aa  348  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.17 
 
 
707 aa  348  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2226  5-oxoprolinase  36.24 
 
 
680 aa  347  3e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460045  normal  0.133433 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.97 
 
 
690 aa  347  3e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.09 
 
 
687 aa  345  1e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.9 
 
 
682 aa  344  2.9999999999999997e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.03 
 
 
662 aa  344  2.9999999999999997e-93  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.45 
 
 
680 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.96 
 
 
690 aa  343  7e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.42 
 
 
692 aa  341  2.9999999999999998e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  34.19 
 
 
685 aa  340  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.4 
 
 
678 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  36.1 
 
 
698 aa  336  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.44 
 
 
661 aa  335  1e-90  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.5 
 
 
691 aa  335  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  34.5 
 
 
660 aa  334  2e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.6 
 
 
721 aa  334  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  34.87 
 
 
679 aa  333  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.1 
 
 
692 aa  332  9e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.69 
 
 
691 aa  331  2e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  35.09 
 
 
694 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0691  hydantoin utilization protein A  36.52 
 
 
689 aa  330  6e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167885  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4028  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.18 
 
 
711 aa  330  8e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.5 
 
 
702 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0425  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.57 
 
 
647 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1060  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.11 
 
 
684 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.21 
 
 
679 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.24 
 
 
706 aa  327  4.0000000000000003e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.41 
 
 
693 aa  326  8.000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.04 
 
 
701 aa  326  9e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2267  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.98 
 
 
697 aa  325  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.739176  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.89 
 
 
657 aa  325  2e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5342  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.13 
 
 
699 aa  324  3e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.6 
 
 
690 aa  323  6e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  33.43 
 
 
678 aa  323  6e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0985  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.45 
 
 
726 aa  321  1.9999999999999998e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0321  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.89 
 
 
652 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4426  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.59 
 
 
692 aa  318  1e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4974  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.58 
 
 
679 aa  318  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.167294 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0124  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.9 
 
 
690 aa  317  4e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.256267  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.5 
 
 
687 aa  316  9e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.58 
 
 
694 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1392  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.82 
 
 
657 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.307503  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.42 
 
 
712 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.140171 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.31 
 
 
693 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  37.67 
 
 
686 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.48 
 
 
694 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.48 
 
 
694 aa  311  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.25 
 
 
697 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0132  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.01 
 
 
647 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.367806  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3731  hydantoinase/oxoprolinase  32.12 
 
 
692 aa  307  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2644  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.4 
 
 
651 aa  303  9e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01100  hypothetical 5-oxoprolinase (Eurofung)  33.23 
 
 
1355 aa  302  2e-80  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0381114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>