More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0472 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3075  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  62.5 
 
 
684 aa  800    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6223  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  56.19 
 
 
690 aa  727    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220681  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4389  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  51.24 
 
 
684 aa  642    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0472  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
687 aa  1374    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  51.53 
 
 
690 aa  607  9.999999999999999e-173  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0499935 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0135  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  44.94 
 
 
699 aa  514  1e-144  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0452  Hydantoinase/oxoprolinase  44.38 
 
 
693 aa  477  1e-133  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00475089 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.34 
 
 
690 aa  433  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.91 
 
 
711 aa  392  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.77 
 
 
690 aa  382  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.23 
 
 
704 aa  377  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.88 
 
 
694 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.88 
 
 
694 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.36 
 
 
692 aa  375  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.59 
 
 
694 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.92 
 
 
687 aa  370  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  35.91 
 
 
686 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.92 
 
 
706 aa  360  6e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  35.29 
 
 
694 aa  356  8.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  32.75 
 
 
680 aa  353  5.9999999999999994e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
674 aa  349  1e-94  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.38 
 
 
698 aa  343  7e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.24 
 
 
680 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.38 
 
 
687 aa  340  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  32.27 
 
 
687 aa  337  3.9999999999999995e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.33 
 
 
707 aa  337  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.41 
 
 
683 aa  336  7e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.12 
 
 
694 aa  336  7e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.25 
 
 
706 aa  335  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.3 
 
 
676 aa  334  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  33.14 
 
 
681 aa  331  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.43 
 
 
683 aa  330  5.0000000000000004e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.27 
 
 
702 aa  330  6e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.5 
 
 
682 aa  327  6e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
680 aa  327  7e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.56 
 
 
765 aa  325  1e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  30.72 
 
 
676 aa  325  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.27 
 
 
693 aa  323  6e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.57 
 
 
663 aa  323  8e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.22 
 
 
701 aa  323  9.999999999999999e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.51 
 
 
678 aa  321  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  33.33 
 
 
679 aa  321  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6263  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.82 
 
 
673 aa  318  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.66 
 
 
765 aa  318  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33 
 
 
684 aa  318  2e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.17 
 
 
692 aa  317  6e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.95 
 
 
690 aa  316  8e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.38 
 
 
680 aa  316  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.42 
 
 
690 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4028  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.82 
 
 
711 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.6 
 
 
692 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.54 
 
 
688 aa  313  1e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4826  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.21 
 
 
831 aa  311  2e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.82 
 
 
658 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.15 
 
 
676 aa  306  7e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.79 
 
 
690 aa  306  8.000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  34.07 
 
 
660 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.78 
 
 
676 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.01 
 
 
694 aa  304  3.0000000000000004e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3731  hydantoinase/oxoprolinase  31.65 
 
 
692 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5834  hydantoin utilization protein  31.17 
 
 
687 aa  303  5.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302011  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2497  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.14 
 
 
719 aa  303  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.17 
 
 
657 aa  303  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1060  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.15 
 
 
684 aa  303  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2529  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.58 
 
 
685 aa  302  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413249  normal  0.693617 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.22 
 
 
687 aa  301  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.38 
 
 
721 aa  301  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  31.83 
 
 
673 aa  301  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.5 
 
 
680 aa  301  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.93 
 
 
701 aa  300  5e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2267  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.05 
 
 
697 aa  300  8e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.739176  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.02 
 
 
682 aa  299  1e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.57 
 
 
672 aa  299  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  33.43 
 
 
672 aa  297  4e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.37 
 
 
690 aa  297  5e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.11 
 
 
681 aa  295  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33 
 
 
693 aa  293  6e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1392  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.82 
 
 
657 aa  293  1e-77  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.307503  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2942  5-oxoprolinase  33.72 
 
 
669 aa  292  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  32.34 
 
 
685 aa  291  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.38 
 
 
684 aa  291  3e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  31.68 
 
 
698 aa  289  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1125  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.37 
 
 
714 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875999  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.12 
 
 
684 aa  288  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.77 
 
 
691 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.42 
 
 
681 aa  287  4e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.27 
 
 
688 aa  287  5e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.23 
 
 
673 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.12 
 
 
691 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.97 
 
 
726 aa  283  1e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.48 
 
 
712 aa  281  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.140171 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.34 
 
 
679 aa  281  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.78 
 
 
684 aa  279  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  30.88 
 
 
678 aa  279  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.62 
 
 
707 aa  278  2e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.95 
 
 
690 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.26 
 
 
739 aa  276  1.0000000000000001e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01100  hypothetical 5-oxoprolinase (Eurofung)  31.91 
 
 
1355 aa  274  3e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0381114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.79 
 
 
701 aa  275  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  30.49 
 
 
706 aa  273  6e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>