More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2413 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  97.4 
 
 
694 aa  1369    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  56.44 
 
 
711 aa  797    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
694 aa  1418    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  58.6 
 
 
690 aa  790    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  96.39 
 
 
694 aa  1359    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  41.81 
 
 
692 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  41.15 
 
 
686 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.2 
 
 
680 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  40.32 
 
 
680 aa  451  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.45 
 
 
687 aa  445  1e-123  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.09 
 
 
706 aa  438  1e-121  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.5 
 
 
704 aa  433  1e-120  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.39 
 
 
687 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.88 
 
 
683 aa  424  1e-117  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.21 
 
 
690 aa  421  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  34.64 
 
 
681 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  36.97 
 
 
676 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.95 
 
 
678 aa  405  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.33 
 
 
690 aa  405  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.26 
 
 
680 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  39.35 
 
 
765 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.48 
 
 
698 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.97 
 
 
690 aa  390  1e-107  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  36.38 
 
 
698 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0176  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.15 
 
 
682 aa  389  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  37.5 
 
 
687 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.99 
 
 
658 aa  387  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.96 
 
 
694 aa  389  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  37.24 
 
 
680 aa  388  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.7 
 
 
682 aa  385  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  36.09 
 
 
679 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.63 
 
 
674 aa  385  1e-105  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6223  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.02 
 
 
690 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220681  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.99 
 
 
676 aa  380  1e-104  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.9 
 
 
683 aa  376  1e-103  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.14 
 
 
701 aa  378  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3731  hydantoinase/oxoprolinase  34.12 
 
 
692 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  34.47 
 
 
706 aa  378  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0472  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.88 
 
 
687 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.99 
 
 
692 aa  378  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5342  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.1 
 
 
699 aa  373  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.52 
 
 
712 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.28 
 
 
690 aa  366  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0499935 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.83 
 
 
693 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.92 
 
 
684 aa  368  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.58 
 
 
691 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.77 
 
 
707 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.18 
 
 
691 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.03 
 
 
657 aa  367  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.68 
 
 
674 aa  365  2e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.9 
 
 
676 aa  363  5.0000000000000005e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.66 
 
 
690 aa  363  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  36.62 
 
 
660 aa  362  9e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  33.97 
 
 
685 aa  362  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.24 
 
 
692 aa  361  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.89 
 
 
681 aa  362  2e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.71 
 
 
694 aa  360  5e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.24 
 
 
663 aa  360  6e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.82 
 
 
688 aa  358  1.9999999999999998e-97  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.94 
 
 
676 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.25 
 
 
681 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.63 
 
 
680 aa  357  2.9999999999999997e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.87 
 
 
690 aa  357  3.9999999999999996e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.16 
 
 
684 aa  356  7.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  34.14 
 
 
694 aa  354  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.95 
 
 
701 aa  354  4e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.502801 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.24 
 
 
706 aa  353  8.999999999999999e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4389  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.76 
 
 
684 aa  352  2e-95  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6263  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.86 
 
 
673 aa  352  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1876  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.21 
 
 
690 aa  351  2e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3649  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.62 
 
 
721 aa  350  7e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495656  normal  0.769943 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2226  5-oxoprolinase  35.07 
 
 
680 aa  347  3e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460045  normal  0.133433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.91 
 
 
690 aa  347  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.58 
 
 
701 aa  347  5e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.87 
 
 
706 aa  345  1e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0678775  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0135  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.86 
 
 
699 aa  345  1e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4826  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.31 
 
 
831 aa  344  2.9999999999999997e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.78 
 
 
702 aa  343  4e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.59 
 
 
684 aa  343  5e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.85 
 
 
661 aa  341  2e-92  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.19 
 
 
687 aa  341  2e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.75 
 
 
739 aa  341  2e-92  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  35.08 
 
 
1277 aa  340  5.9999999999999996e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.13 
 
 
765 aa  339  8e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.12 
 
 
697 aa  339  9e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.69 
 
 
691 aa  339  9.999999999999999e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0124  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.04 
 
 
690 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.256267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.14 
 
 
684 aa  336  7.999999999999999e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.31 
 
 
662 aa  336  1e-90  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.06 
 
 
679 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  34.58 
 
 
672 aa  333  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1719  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.19 
 
 
688 aa  333  9e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.24 
 
 
702 aa  332  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.58 
 
 
672 aa  332  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2529  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.94 
 
 
685 aa  329  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413249  normal  0.693617 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3075  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.44 
 
 
684 aa  329  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.15 
 
 
707 aa  328  2.0000000000000001e-88  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00009  hypothetical N-methylhydantoinase (Eurofung)  33.43 
 
 
1362 aa  325  1e-87  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00000169521 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.14 
 
 
693 aa  325  2e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0691  hydantoin utilization protein A  35.09 
 
 
689 aa  323  7e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.167885  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>