More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2509 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1451  hydantoinase/oxoprolinase family protein  50.23 
 
 
639 aa  640    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.589264 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2509  hydantoinase/oxoprolinase  100 
 
 
637 aa  1291    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.212275  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4896  hydantoinase/oxoprolinase  72.76 
 
 
634 aa  909    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833131  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11410  acetophenone carboxylase  44.43 
 
 
645 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.488439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1204  hydantoinase/oxoprolinase  45.89 
 
 
665 aa  524  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114789  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1165  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  43.95 
 
 
645 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4362  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  43.65 
 
 
643 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1338  hydantoinase/oxoprolinase  44.12 
 
 
643 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1149  hydantoinase/oxoprolinase  42.83 
 
 
627 aa  482  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129864  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2237  hydantoinase/oxoprolinase  41.23 
 
 
638 aa  468  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.570918  normal  0.102983 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1831  hydantoinase/oxoprolinase  40.47 
 
 
638 aa  428  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2239  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.08 
 
 
708 aa  271  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1850  hydantoinase/oxoprolinase  30.11 
 
 
647 aa  269  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1163  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.35 
 
 
711 aa  246  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11390  acetophenone carboxylase  34 
 
 
711 aa  243  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1449  acetone carboxylase beta subunit  30.46 
 
 
712 aa  239  1e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.667418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4898  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.06 
 
 
709 aa  234  5e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466599  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2507  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.65 
 
 
708 aa  233  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1151  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.35 
 
 
710 aa  224  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4360  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.49 
 
 
708 aa  224  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1206  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.14 
 
 
725 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1833  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.07 
 
 
731 aa  212  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.28 
 
 
726 aa  204  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  28.78 
 
 
676 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.8 
 
 
680 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.34 
 
 
765 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.87 
 
 
676 aa  188  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  32.62 
 
 
686 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.77 
 
 
678 aa  186  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.09 
 
 
692 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.75 
 
 
658 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  28.28 
 
 
681 aa  184  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.55 
 
 
692 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0321  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.11 
 
 
652 aa  180  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  27.06 
 
 
660 aa  179  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.19 
 
 
663 aa  177  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  25.71 
 
 
680 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.89 
 
 
683 aa  177  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.04 
 
 
765 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.37 
 
 
712 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.85 
 
 
706 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  27.52 
 
 
678 aa  176  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25 
 
 
694 aa  175  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.87 
 
 
674 aa  174  5e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.41 
 
 
698 aa  173  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2039  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.07 
 
 
707 aa  173  7.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.57 
 
 
691 aa  172  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.45 
 
 
682 aa  171  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.12 
 
 
657 aa  169  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.62 
 
 
701 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.57 
 
 
694 aa  167  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.85 
 
 
690 aa  166  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.97 
 
 
694 aa  166  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.26 
 
 
687 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.57 
 
 
680 aa  164  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0640  putative N-methylhydantoinase A  26.89 
 
 
672 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.221754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.46 
 
 
680 aa  164  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.94 
 
 
701 aa  163  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2293  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.34 
 
 
672 aa  163  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.48 
 
 
706 aa  162  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.43 
 
 
712 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.140171 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.54 
 
 
692 aa  160  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.43 
 
 
694 aa  160  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.39 
 
 
704 aa  160  9e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4426  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.86 
 
 
692 aa  160  9e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.4 
 
 
676 aa  159  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.14 
 
 
694 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2529  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.5 
 
 
685 aa  158  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413249  normal  0.693617 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.09 
 
 
684 aa  157  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.9 
 
 
739 aa  156  1e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20940  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  27.72 
 
 
706 aa  154  4e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796393  normal  0.0791884 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.75 
 
 
684 aa  154  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  25.88 
 
 
685 aa  154  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2412  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.76 
 
 
662 aa  154  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0201127  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.64 
 
 
676 aa  154  5e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0038  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.1 
 
 
661 aa  154  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.38 
 
 
691 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0985  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.48 
 
 
726 aa  153  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.623858  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.8 
 
 
702 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1125  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.16 
 
 
714 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875999  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3731  hydantoinase/oxoprolinase  26.32 
 
 
692 aa  152  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.863672  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  28.77 
 
 
679 aa  152  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.32 
 
 
688 aa  151  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.32 
 
 
681 aa  150  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2644  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.17 
 
 
651 aa  150  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.54 
 
 
683 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7016  hydantoin utilization protein  28.69 
 
 
673 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626492  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4925  Hydantoin utilization protein A  24.63 
 
 
694 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153977 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.65 
 
 
693 aa  150  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  27.83 
 
 
698 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.68 
 
 
691 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.93 
 
 
690 aa  147  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3307  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.43 
 
 
673 aa  147  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.593183  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.6 
 
 
681 aa  147  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4428  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.33 
 
 
690 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0790  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.68 
 
 
679 aa  146  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.745628 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.46 
 
 
680 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9148  hydantoin utilization protein  25.05 
 
 
687 aa  145  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.1 
 
 
690 aa  144  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.29 
 
 
711 aa  144  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>