More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1867 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1867  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
370 aa  746    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.705084  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12310  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.54 
 
 
358 aa  431  1e-120  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.846679  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3900  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.36 
 
 
343 aa  430  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.93635  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0579  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.58 
 
 
355 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06710  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.89 
 
 
362 aa  423  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.524354  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0653  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.84 
 
 
349 aa  415  9.999999999999999e-116  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00257706  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0020  tryptophan--tRNA ligase  57.97 
 
 
363 aa  412  1e-114  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.15256 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4636  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.12 
 
 
354 aa  408  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.188276  normal  0.0639753 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1317  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.26 
 
 
348 aa  410  1e-113  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0172213  normal  0.0239999 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1393  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.1 
 
 
363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1340  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.34 
 
 
410 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.849253  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14880  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.18 
 
 
349 aa  404  1e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00197202  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1781  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.16 
 
 
351 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000215592  normal  0.125783 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08970  Tryptophanyl-tRNA synthetase  42.56 
 
 
333 aa  260  3e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1919  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.75 
 
 
337 aa  256  4e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00690514  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1343  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.77 
 
 
323 aa  243  5e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163691  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1125  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.46 
 
 
323 aa  243  5e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1154  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 
323 aa  242  9e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1687  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.69 
 
 
326 aa  239  4e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0957395  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0672  tryptophan--tRNA ligase  41.87 
 
 
331 aa  236  5.0000000000000005e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0240521  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2236  tryptophanyl-tRNA synthetase  40 
 
 
340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.139935  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1882  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.27 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0014344  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2298  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.99 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0450  tryptophanyl-tRNA synthetase II  43.81 
 
 
342 aa  231  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.481954 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1925  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.02 
 
 
327 aa  229  5e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3480  tryptophanyl-tRNA synthetase  40 
 
 
331 aa  228  9e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000674679  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0204  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
340 aa  227  2e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7191  tryptophanyl-tRNA synthetase II  42.51 
 
 
342 aa  223  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06790  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.69 
 
 
384 aa  222  8e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.118631  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0792  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.63 
 
 
325 aa  222  9e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00324527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2250  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000268792  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2090  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.28 
 
 
342 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.679306  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2157  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.06 
 
 
335 aa  220  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108936 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0686  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.46 
 
 
329 aa  220  3e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1300  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.02 
 
 
324 aa  219  5e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1138  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.44 
 
 
339 aa  219  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0656851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0406  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.92 
 
 
342 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175639  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.88 
 
 
328 aa  218  1e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1456  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.71 
 
 
335 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256847  normal  0.958171 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0428  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.88 
 
 
328 aa  218  1e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1247  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.66 
 
 
360 aa  218  2e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.258523  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2168  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.53 
 
 
341 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00044454  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2482  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.82 
 
 
340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5680  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.35 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.882251  normal  0.353927 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0072  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.94 
 
 
354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2485  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.35 
 
 
340 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0895292  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6975  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.06 
 
 
337 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6431  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.06 
 
 
337 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0320  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.16 
 
 
331 aa  212  9e-54  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1413  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.06 
 
 
337 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6416  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.06 
 
 
337 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0058  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.17 
 
 
341 aa  210  3e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00653714  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7076  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.74 
 
 
337 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.478137 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2336  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.77 
 
 
329 aa  209  6e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1588  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.03 
 
 
357 aa  209  7e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00279231  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1406  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.39 
 
 
335 aa  209  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1833  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.08 
 
 
327 aa  208  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.985699  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1800  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.7 
 
 
341 aa  208  1e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2171  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.1 
 
 
331 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.44803  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1993  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.17 
 
 
340 aa  207  2e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0015923  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0956  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1469  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 
329 aa  207  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0501  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40 
 
 
366 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163921  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1856  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.16 
 
 
339 aa  206  4e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2528  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0230  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1609  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2670  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.552159  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0267  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1413  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.76 
 
 
346 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.718903  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0201  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.17 
 
 
346 aa  206  7e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.231145 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2260  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.14 
 
 
330 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2700  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 
340 aa  205  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3860  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.86 
 
 
359 aa  204  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0887  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 
327 aa  202  6e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.512903  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1960  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.79 
 
 
328 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000535382  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1145  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 
352 aa  202  7e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000761726 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3607  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.55 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1685  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.91 
 
 
331 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1201  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.07 
 
 
327 aa  200  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0682  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.25 
 
 
330 aa  200  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.415308  normal  0.0278863 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2825  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 
329 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0765  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.94 
 
 
330 aa  199  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.664559  normal  0.580666 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2877  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.47 
 
 
348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.53 
 
 
356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2145  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.53 
 
 
356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106152  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01774  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.32 
 
 
340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0032  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.67 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0512  tryptophanyl-tRNA synthetase II  42.06 
 
 
346 aa  197  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1026  tryptophanyl-tRNA synthetase II  37.01 
 
 
345 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0005  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.35 
 
 
351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0440  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.76 
 
 
342 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003890  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.53 
 
 
340 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0037  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.89 
 
 
330 aa  194  2e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0775  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.37 
 
 
329 aa  192  1e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.203902  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6470  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.13 
 
 
339 aa  191  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4762  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.53 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.586002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4838  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.12 
 
 
337 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0874  tryptophanyl-tRNA synthetase  35 
 
 
346 aa  189  5.999999999999999e-47  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4912  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.12 
 
 
337 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.605073  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>