More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1125 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET1343  tryptophanyl-tRNA synthetase  98.45 
 
 
323 aa  662    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163691  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1154  tryptophanyl-tRNA synthetase  94.43 
 
 
323 aa  642    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1125  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
323 aa  671    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0686  tryptophanyl-tRNA synthetase  53.11 
 
 
329 aa  354  1e-96  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0792  tryptophanyl-tRNA synthetase  53.54 
 
 
325 aa  353  2.9999999999999997e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00324527  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1469  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.85 
 
 
329 aa  321  9.000000000000001e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0142  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.37 
 
 
327 aa  320  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2298  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.38 
 
 
327 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1687  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 
326 aa  317  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0957395  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0672  tryptophan--tRNA ligase  47.37 
 
 
331 aa  316  3e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0240521  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1925  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.07 
 
 
327 aa  316  4e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08970  Tryptophanyl-tRNA synthetase  47.68 
 
 
333 aa  315  5e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0037  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.53 
 
 
330 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2250  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.62 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000268792  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3426  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.09 
 
 
326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1300  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.92 
 
 
324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2757  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 
329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1833  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.85 
 
 
327 aa  309  5e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.985699  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2260  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.54 
 
 
330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2171  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.23 
 
 
331 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.44803  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2236  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.13 
 
 
340 aa  301  9e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.139935  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1919  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.89 
 
 
337 aa  301  9e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00690514  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1882  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.67 
 
 
328 aa  301  1e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0014344  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2485  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.32 
 
 
340 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0895292  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1685  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.92 
 
 
331 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1201  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.38 
 
 
327 aa  297  2e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0775  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.66 
 
 
329 aa  297  2e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.203902  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3860  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 
359 aa  297  2e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0765  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.92 
 
 
330 aa  296  4e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.664559  normal  0.580666 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2090  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.24 
 
 
342 aa  295  7e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.679306  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2119  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.53 
 
 
332 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.926064  normal  0.0320454 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1133  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.81 
 
 
330 aa  291  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.698787  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0682  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 
330 aa  291  1e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.415308  normal  0.0278863 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2336  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.46 
 
 
329 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1960  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 
328 aa  290  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000535382  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2825  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.22 
 
 
329 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0072  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.18 
 
 
354 aa  288  6e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2877  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.94 
 
 
348 aa  288  6e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2482  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.13 
 
 
340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2700  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.81 
 
 
340 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2157  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.43 
 
 
335 aa  282  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108936 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1456  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.12 
 
 
335 aa  282  6.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256847  normal  0.958171 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3607  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.75 
 
 
329 aa  281  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3480  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.61 
 
 
331 aa  276  4e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000674679  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1224  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.98 
 
 
373 aa  273  2.0000000000000002e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.142423  normal  0.402373 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0032  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.85 
 
 
329 aa  271  9e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1038  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.39 
 
 
405 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.548207  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.79 
 
 
328 aa  271  1e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0428  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.79 
 
 
328 aa  271  1e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0887  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.37 
 
 
327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.512903  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1602  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.45 
 
 
333 aa  270  4e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.598858  normal  0.880818 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2014  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.64 
 
 
405 aa  267  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00685202  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0320  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.79 
 
 
331 aa  267  2e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0935  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.34 
 
 
346 aa  266  4e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1608  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.73 
 
 
339 aa  263  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.342366  normal  0.0200514 
 
 
-
 
NC_002620  TC0874  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.18 
 
 
346 aa  255  9e-67  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0352  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.72 
 
 
325 aa  251  1e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2459  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.71 
 
 
400 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.915849  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1399  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.96 
 
 
404 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1597  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.96 
 
 
404 aa  243  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1145  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.14 
 
 
352 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000761726 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3078  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 
324 aa  242  7e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.3 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2145  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.3 
 
 
356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106152  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4238  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.09 
 
 
337 aa  235  7e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121944  hitchhiker  0.0000708237 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6886  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.87 
 
 
334 aa  232  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.447251 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0579  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.16 
 
 
355 aa  233  5e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0005  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.06 
 
 
351 aa  232  6e-60  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1704  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 
327 aa  231  1e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1411  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.61 
 
 
336 aa  230  2e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000050643  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1037  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 
337 aa  229  5e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1867  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.46 
 
 
370 aa  229  5e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.705084  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0450  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.31 
 
 
342 aa  226  4e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.481954 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0653  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.25 
 
 
349 aa  226  5.0000000000000005e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00257706  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0390  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.42 
 
 
340 aa  224  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1317  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 
348 aa  223  2e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0172213  normal  0.0239999 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0201  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.1 
 
 
346 aa  224  2e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.231145 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3900  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.13 
 
 
343 aa  223  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.93635  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1525  tryptophanyl-tRNA synthetase  35.28 
 
 
400 aa  223  4e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0769059 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06790  tryptophanyl-tRNA synthetase  39 
 
 
384 aa  221  9.999999999999999e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.118631  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0501  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.08 
 
 
366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163921  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1308  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 
355 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.917887  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5332  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.37 
 
 
354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0907404  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12310  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.96 
 
 
358 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.846679  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0269  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.44 
 
 
332 aa  219  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00577656  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0204  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.51 
 
 
340 aa  219  5e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0574  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.39 
 
 
332 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0405  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.74 
 
 
324 aa  218  1e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3085  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.42 
 
 
345 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.424246 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0938  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.9 
 
 
337 aa  217  2e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.468666  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3535  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 
332 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0370  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.79 
 
 
353 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1393  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 
363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0383  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.74 
 
 
332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2580  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.18 
 
 
332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.804405 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4407  tryptophanyl-tRNA synthetase  40 
 
 
340 aa  216  4e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2993  tryptophanyl-tRNA synthetase  40 
 
 
335 aa  216  4e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0321948  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_002950  PG2085  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.84 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0020  tryptophan--tRNA ligase  37.23 
 
 
363 aa  214  9.999999999999999e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.15256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0588  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.61 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>