More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1275 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1038  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  65.02 
 
 
987 aa  1190    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4496  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  58.24 
 
 
993 aa  1078    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.957039 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29834  predicted protein  45.88 
 
 
1051 aa  810    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.93436  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1275  glycine--tRNA ligase  100 
 
 
1017 aa  1988    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.208463 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4297  Glycine--tRNA ligase  62.56 
 
 
1024 aa  1185    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.83812  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2121  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  76.12 
 
 
1019 aa  1476    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8726  Glycine--tRNA ligase  62.74 
 
 
991 aa  1169    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0178  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, alpha/beta subunits  32.55 
 
 
1003 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.9 
 
 
698 aa  410  1e-113  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  36.69 
 
 
695 aa  412  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1061  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.23 
 
 
691 aa  411  1e-113  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.78 
 
 
687 aa  395  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  34.57 
 
 
688 aa  390  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.88 
 
 
690 aa  387  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.54 
 
 
690 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.16 
 
 
687 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0018  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.76 
 
 
728 aa  385  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.606807 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.6 
 
 
686 aa  381  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.53 
 
 
687 aa  381  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.95 
 
 
705 aa  380  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12440  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.85 
 
 
686 aa  381  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.65 
 
 
687 aa  378  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0741  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.56 
 
 
691 aa  378  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.143146  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  38.9 
 
 
688 aa  377  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.89 
 
 
702 aa  376  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1052  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.69 
 
 
297 aa  371  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1385  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.47 
 
 
696 aa  373  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.036221  normal  0.597652 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0655  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.84 
 
 
292 aa  369  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79988e-24 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0794  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35 
 
 
716 aa  367  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934108  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  36.73 
 
 
694 aa  366  1e-100  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2337  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.63 
 
 
711 aa  369  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2388  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.63 
 
 
711 aa  369  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1115  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.86 
 
 
690 aa  369  1e-100  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.217479  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  38.15 
 
 
696 aa  366  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3060  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.69 
 
 
292 aa  365  2e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0641  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.34 
 
 
291 aa  365  3e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.963303  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.63 
 
 
688 aa  364  4e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.86 
 
 
684 aa  364  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4481  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.43 
 
 
719 aa  364  5.0000000000000005e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.731924  normal  0.0858499 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1208  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.24 
 
 
693 aa  362  1e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0414092  normal  0.146925 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.66 
 
 
687 aa  362  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1207  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.94 
 
 
294 aa  362  2e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0202592  normal  0.156512 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1023  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  56.29 
 
 
291 aa  362  3e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.165229  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  38.01 
 
 
691 aa  360  5e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0578  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  58.39 
 
 
292 aa  360  7e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0992  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.59 
 
 
289 aa  360  9.999999999999999e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3673  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.94 
 
 
291 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000113382  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.34 
 
 
694 aa  358  2.9999999999999997e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1734  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  56.99 
 
 
291 aa  357  3.9999999999999996e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.424728  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.28 
 
 
688 aa  357  5e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0598  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.69 
 
 
290 aa  357  5.999999999999999e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.4959400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1092  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  56.29 
 
 
293 aa  357  5.999999999999999e-97  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.41 
 
 
685 aa  357  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.72 
 
 
684 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.58 
 
 
684 aa  355  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2942  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  57.34 
 
 
291 aa  355  2e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870309  hitchhiker  0.000753437 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2034  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.24 
 
 
294 aa  355  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000016391  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1305  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  56.33 
 
 
309 aa  354  4e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2460  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.45 
 
 
326 aa  353  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.581203  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.86 
 
 
685 aa  353  7e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0335  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.12 
 
 
687 aa  353  8.999999999999999e-96  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.88 
 
 
694 aa  352  1e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.23 
 
 
689 aa  353  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4255  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  53.5 
 
 
296 aa  352  2e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00424245  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  38.65 
 
 
693 aa  352  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1265  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  56.29 
 
 
289 aa  351  3e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.127189  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2446  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.59 
 
 
290 aa  350  9e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3936  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  54.55 
 
 
289 aa  350  1e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.429438  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.81 
 
 
684 aa  350  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2555  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  56 
 
 
309 aa  350  1e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00956697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2651  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  56 
 
 
309 aa  350  1e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2984  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.28 
 
 
733 aa  350  1e-94  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.3 
 
 
684 aa  350  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.02 
 
 
684 aa  349  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0290  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  54.83 
 
 
291 aa  347  4e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.213376 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0603  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.24 
 
 
319 aa  347  5e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4816  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.71 
 
 
717 aa  347  6e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.642859 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0334  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  54.2 
 
 
293 aa  347  8e-94  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.11 
 
 
689 aa  347  8e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1193  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.57 
 
 
685 aa  347  8e-94  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.51 
 
 
689 aa  346  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.02 
 
 
684 aa  346  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0915  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  54.55 
 
 
292 aa  346  1e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2690  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  52.8 
 
 
290 aa  345  2.9999999999999997e-93  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3426  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  52.8 
 
 
290 aa  345  2.9999999999999997e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3935  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.81 
 
 
680 aa  345  2.9999999999999997e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000397713  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3048  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.24 
 
 
296 aa  344  5e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0314071  normal  0.0184819 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1440  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  54.9 
 
 
321 aa  344  5e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.52 
 
 
689 aa  344  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.52 
 
 
689 aa  344  5.999999999999999e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.52 
 
 
689 aa  344  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3659  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  53.5 
 
 
298 aa  344  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3866  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  53.15 
 
 
294 aa  343  7e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.086859  normal  0.138028 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0539  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.24 
 
 
305 aa  343  7e-93  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0639733  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.05 
 
 
689 aa  343  8e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1711  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  54.55 
 
 
300 aa  343  8e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.271634  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.02 
 
 
683 aa  343  9e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0484  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  55.14 
 
 
295 aa  343  9e-93  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.411276  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1320  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  54.9 
 
 
299 aa  343  1e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.797629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.9 
 
 
693 aa  342  2e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>