More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1921 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1921  histidine kinase  100 
 
 		 439 aa  865    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000693193  hitchhiker  0.00000000000506219 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1442  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.88 
 
 		 439 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0203  signal transduction kinase protein  56.28 
 
 		 439 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.573274  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1836  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  56.05 
 
 		 439 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.542942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1833  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  55.15 
 
 		 435 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.276388  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1771  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  53.35 
 
 		 445 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1479  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  48.62 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.339918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0765  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.776621  normal  0.225366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2612  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.39 
 
 		 472 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.607361 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2807  histidine kinase  41.07 
 
 		 468 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.85206 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2145  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 		 469 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2584  ATPase domain-containing protein  41.29 
 
 		 468 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2512  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.63 
 
 		 453 aa  282  9e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1736  signal transduction histidine kinase  40.58 
 
 		 462 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.158259  normal  0.298794 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2268  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.37 
 
 		 468 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.371039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3471  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.99 
 
 		 464 aa  278  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.551338  normal  0.47179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6014  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 474 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0058306 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1385  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 		 462 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.465495  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7273  histidine kinase  41.83 
 
 		 472 aa  275  8e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.567939  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1643  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.69 
 
 		 447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.291283  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0990  sensor histidine kinase  40.22 
 
 		 446 aa  274  3e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0170043  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1522  osmolarity sensor protein EnvZ, putative  39.73 
 
 		 432 aa  271  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3883  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 462 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2517  Signal transduction histidine kinase  39.14 
 
 		 466 aa  266  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.212799 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4851  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 		 462 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 		 477 aa  266  7e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2747  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 		 458 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.618913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3010  histidine kinase  38.67 
 
 		 458 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2559  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.87 
 
 		 460 aa  262  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.974152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3547  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.91 
 
 		 456 aa  259  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.486419  normal  0.695508 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4172  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.01 
 
 		 462 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.583754 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2246  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.95 
 
 		 472 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 		 450 aa  253  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1473  putative osmolarity sensor protein EnvZ  39.34 
 
 		 416 aa  253  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0547648  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3166  two component sensor kinase  37.81 
 
 		 440 aa  252  8.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2226  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 		 468 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 		 441 aa  187  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105855  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 467 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.913369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0771  sensor histidine kinase  38.49 
 
 		 391 aa  169  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0653  histidine kinase  36.66 
 
 		 442 aa  158  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.303761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1083  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 		 453 aa  157  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.205423  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6322  histidine kinase  36.67 
 
 		 276 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0851  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 		 453 aa  154  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2472  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 		 469 aa  153  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.22285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4124  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 485 aa  153  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2590  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 		 472 aa  153  5.9999999999999996e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0173  osmolarity sensor protein  30.41 
 
 		 450 aa  152  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3740  osmolarity sensor protein  30.41 
 
 		 450 aa  152  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4090  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 444 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.280279  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3979  osmolarity sensor protein  30.65 
 
 		 450 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.413439  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3774  osmolarity sensor protein  37.17 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3702  osmolarity sensor protein  37.17 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4348  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.67 
 
 		 330 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3808  osmolarity sensor protein  37.17 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3645  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 		 443 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3870  osmolarity sensor protein  37.17 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.671059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2346  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 		 717 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.596828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3699  osmolarity sensor protein  37.17 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3638  osmolarity sensor protein  29.08 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03256  osmolarity sensor protein  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0309  histidine kinase  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0309  osmolarity sensor protein  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0583952 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4710  osmolarity sensor protein  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.570266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3685  osmolarity sensor protein  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.596737 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3601  osmolarity sensor protein  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1067  histidine kinase  33.33 
 
 		 444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3878  osmolarity sensor protein  37.55 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3381  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 		 473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0167  osmolarity sensor protein  27.09 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2424  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 		 493 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.444371 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2285  osmolarity sensor protein  34.75 
 
 		 438 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1979  sensor histidine kinase  34.46 
 
 		 433 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.690956 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3783  osmolarity sensor protein  37.17 
 
 		 450 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1373  histidine kinase  37.96 
 
 		 454 aa  146  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4653  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 446 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.724731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68680  two-component sensor EnvZ  38.89 
 
 		 439 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5943  two-component sensor EnvZ  38.89 
 
 		 439 aa  146  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2702  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 		 443 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4077  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 443 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.269613 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3817  osmolarity sensor protein  36.8 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.528107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 		 454 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0217  osmolarity sensor protein  28.01 
 
 		 446 aa  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 442 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 		 488 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00134459  hitchhiker  0.00520721 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2031  sensor histidine kinase  34.72 
 
 		 344 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0325  osmolarity sensor protein  29.78 
 
 		 452 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.48379  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3908  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 441 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2260  histidine kinase  38.55 
 
 		 471 aa  143  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.188662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2222  sensor histidine kinase  34.84 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3910  sensor histidine kinase  35.32 
 
 		 435 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6198  putative two component sensor histidine kinase  35.77 
 
 		 458 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4198  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0149  osmolarity sensor protein  28.06 
 
 		 436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0245  osmolarity sensor protein  34.86 
 
 		 470 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4049  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 		 488 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04422  two-component system sensor protein  34.49 
 
 		 499 aa  141  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 		 488 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.996229 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1189  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 451 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.288659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2910  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 488 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.988017  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3897  osmolarity sensor protein  35.34 
 
 		 453 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>