More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0404 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0404  methyltransferase GidB  100 
 
 		 490 aa  993    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1152  methyltransferase GidB  60.21 
 
 		 498 aa  562  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.181077  normal  0.598174 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0515  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.01 
 
 		 256 aa  126  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.798322  normal  0.491435 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2363  methyltransferase GidB  29.56 
 
 		 242 aa  104  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.720797  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  31.3 
 
 		 238 aa  104  4e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl662  16S rRNA methyltransferase GidB  31.71 
 
 		 237 aa  97.4  5e-19  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0345  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 239 aa  97.4  5e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  32.6 
 
 		 239 aa  95.1  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  31.87 
 
 		 239 aa  94.4  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  31.87 
 
 		 239 aa  94.4  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  32 
 
 		 209 aa  94  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  35.47 
 
 		 207 aa  94  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.75 
 
 		 254 aa  94  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  31.25 
 
 		 242 aa  93.2  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  29.96 
 
 		 241 aa  91.7  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826958  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  33.87 
 
 		 211 aa  91.3  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  35.16 
 
 		 234 aa  91.3  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  34.97 
 
 		 216 aa  90.1  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  33.65 
 
 		 211 aa  90.1  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  34.59 
 
 		 240 aa  89.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  33.01 
 
 		 211 aa  89.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  30.77 
 
 		 239 aa  89.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_682  methyltransferase  30.7 
 
 		 235 aa  89.7  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1629  16S rRNA methyltransferase GidB  35.71 
 
 		 237 aa  88.6  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0438642  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  32.57 
 
 		 209 aa  89  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  35.06 
 
 		 206 aa  89  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  35.1 
 
 		 214 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0702  16S rRNA methyltransferase GidB  31.08 
 
 		 256 aa  88.6  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  32.4 
 
 		 238 aa  88.2  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  35.63 
 
 		 206 aa  88.2  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  35.63 
 
 		 206 aa  88.2  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_002936  DET0776  16S rRNA methyltransferase GidB  32.04 
 
 		 253 aa  87.8  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.115198  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  34.43 
 
 		 234 aa  87.4  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  33.54 
 
 		 231 aa  87.4  5e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  34.29 
 
 		 206 aa  87.4  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1744  16S rRNA methyltransferase GidB  28.25 
 
 		 239 aa  87.4  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000198478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4363  methyltransferase GidB  35.47 
 
 		 236 aa  87.4  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 207 aa  87  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 207 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5592  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000593206 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5633  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5335  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5163  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.74 
 
 		 251 aa  87  7e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5732  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5609  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5326  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  87  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00149242 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5179  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4022  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  33.14 
 
 		 238 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  39.2 
 
 		 210 aa  85.9  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5669  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5275  16S rRNA methyltransferase GidB  32.97 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  33.87 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  28.25 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0221  methyltransferase GidB  35.2 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  38.51 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  30.43 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0223  methyltransferase GidB  34.27 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  30.68 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  31.34 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  32.77 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  34.09 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  28.71 
 
 		 206 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 241 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4250  16S rRNA methyltransferase GidB  28.71 
 
 		 207 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1778  methyltransferase GidB  32.12 
 
 		 213 aa  82  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  30.98 
 
 		 223 aa  82  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  28.71 
 
 		 206 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  29.37 
 
 		 257 aa  82  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  29.89 
 
 		 206 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  29.89 
 
 		 206 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  34.41 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3195  methyltransferase GidB  32 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  29.25 
 
 		 214 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  29.89 
 
 		 206 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  29.1 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  33.71 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2169  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.44 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000507695  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  29.48 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  28.78 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  28.91 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  31.03 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  28.91 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2756  methyltransferase GidB  29.35 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  29.6 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  29.6 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  29.08 
 
 		 254 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>