More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2061 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2061  ribosome recycling factor  100 
 
 		 186 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.804702  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1862  ribosome recycling factor  82.26 
 
 		 186 aa  320  9.999999999999999e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.964954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2074  ribosome recycling factor  73.66 
 
 		 186 aa  296  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000400705  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0348  ribosome recycling factor  72.58 
 
 		 186 aa  294  4e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000142199  normal  0.711331 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0384  ribosome recycling factor  73.12 
 
 		 186 aa  293  9e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000010454  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0326  ribosome recycling factor  74.19 
 
 		 186 aa  290  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.103304  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2403  ribosome recycling factor  71.51 
 
 		 186 aa  288  2e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.130732  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  190  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  51.08 
 
 		 186 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  179  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  179  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  47.31 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  46.77 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  47.31 
 
 		 186 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  45.7 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  45.7 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  42.93 
 
 		 185 aa  174  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  47.85 
 
 		 186 aa  174  7e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  44.81 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  45.7 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  45.7 
 
 		 186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  48.28 
 
 		 187 aa  171  5.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  45.05 
 
 		 185 aa  171  7.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  42.93 
 
 		 185 aa  170  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  45.16 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  45.16 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  42.39 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  42.39 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  45.7 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  44.62 
 
 		 186 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  48.86 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 194 aa  168  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 186 aa  167  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  44.83 
 
 		 186 aa  167  6e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  42.08 
 
 		 185 aa  167  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  45.7 
 
 		 186 aa  167  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2973  ribosome recycling factor  42.93 
 
 		 185 aa  167  9e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 187 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 191 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1745  ribosome recycling factor  45.9 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1463  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.318607  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  44.38 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 184 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  44.25 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  40.32 
 
 		 186 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  43.55 
 
 		 186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  44.75 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  42.93 
 
 		 185 aa  164  8e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1163  ribosome recycling factor  43.01 
 
 		 186 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 187 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1447  ribosome recycling factor  43.01 
 
 		 186 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.935266  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  46.55 
 
 		 186 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  44.63 
 
 		 187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  43.75 
 
 		 187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  44.83 
 
 		 187 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  42.08 
 
 		 185 aa  162  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  43.68 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 187 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  44.69 
 
 		 185 aa  162  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  42.39 
 
 		 185 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  41.85 
 
 		 185 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000751677  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  41.85 
 
 		 185 aa  162  4.0000000000000004e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  45.05 
 
 		 185 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  40.32 
 
 		 192 aa  161  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  44.38 
 
 		 187 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  44.38 
 
 		 187 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11220  ribosome recycling factor  43.01 
 
 		 186 aa  161  6e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0977787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  42.39 
 
 		 185 aa  160  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  160  7e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  43.68 
 
 		 188 aa  160  9e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  45.98 
 
 		 187 aa  160  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 184 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  44.25 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  40.32 
 
 		 186 aa  160  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  42.86 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  42.62 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  42.93 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  41.38 
 
 		 187 aa  159  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>