52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0910 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 152 aa  313  6e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.82 
 
 		 146 aa  130  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.62 
 
 		 140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.89 
 
 		 153 aa  122  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  47.41 
 
 		 140 aa  121  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.06 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.76 
 
 		 168 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.81 
 
 		 152 aa  117  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.24 
 
 		 144 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  45.59 
 
 		 140 aa  111  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.92 
 
 		 150 aa  110  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.4 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.76 
 
 		 149 aa  88.6  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.8 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  33.33 
 
 		 182 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.19 
 
 		 212 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  28.8 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  28.57 
 
 		 214 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 		 214 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.18 
 
 		 199 aa  50.4  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 		 220 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.19 
 
 		 214 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.33 
 
 		 191 aa  48.9  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.2 
 
 		 246 aa  48.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.44 
 
 		 204 aa  47.8  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.51 
 
 		 212 aa  47.4  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  28.3 
 
 		 180 aa  46.6  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.83 
 
 		 195 aa  45.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.42 
 
 		 219 aa  44.7  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.83 
 
 		 209 aa  44.7  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  26.38 
 
 		 230 aa  44.7  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  26.37 
 
 		 216 aa  43.9  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2587  sigma-70, region 4 type 2  26.36 
 
 		 216 aa  43.9  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.61 
 
 		 249 aa  43.9  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.36 
 
 		 211 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  26.75 
 
 		 209 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  25.16 
 
 		 204 aa  43.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  24.84 
 
 		 205 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.73 
 
 		 224 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.72 
 
 		 188 aa  42.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.228174  decreased coverage  0.00013029 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.8 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.2 
 
 		 209 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.69 
 
 		 268 aa  42  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1634  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.66 
 
 		 229 aa  42.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0720959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.39 
 
 		 233 aa  42.4  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  23.12 
 
 		 240 aa  42  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.2 
 
 		 209 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.28 
 
 		 226 aa  41.6  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4795  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  30.77 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.568094  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2303  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.5 
 
 		 186 aa  40.8  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  20.78 
 
 		 201 aa  40.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.46 
 
 		 263 aa  40.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>