46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1168 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 140 aa  286  6e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  66.43 
 
 		 140 aa  204  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  61.43 
 
 		 140 aa  183  7e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  56.43 
 
 		 140 aa  164  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.14 
 
 		 140 aa  163  9e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.15 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.08 
 
 		 144 aa  147  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.17 
 
 		 152 aa  147  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.2 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.48 
 
 		 146 aa  133  6.0000000000000005e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.62 
 
 		 152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.44 
 
 		 168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.75 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  40.16 
 
 		 182 aa  92.4  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  31.34 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.25 
 
 		 220 aa  45.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 		 191 aa  43.9  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.19 
 
 		 193 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.58 
 
 		 212 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.6  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.36 
 
 		 250 aa  41.2  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1634  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.25 
 
 		 229 aa  41.2  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0720959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.69 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.69 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.72 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.65 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.24 
 
 		 209 aa  40.8  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.27 
 
 		 166 aa  40.4  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.134658  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2384  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.61 
 
 		 280 aa  40  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  24.68 
 
 		 216 aa  40  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>