43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1155 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 150 aa  309  7.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  60 
 
 		 140 aa  164  2.9999999999999998e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.45 
 
 		 140 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.15 
 
 		 140 aa  155  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  57.78 
 
 		 140 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.32 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.44 
 
 		 152 aa  122  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.69 
 
 		 168 aa  120  7e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.8 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.97 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.85 
 
 		 146 aa  114  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.92 
 
 		 152 aa  110  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.15 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.28 
 
 		 154 aa  81.3  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  35.29 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  31.15 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.06 
 
 		 209 aa  47.8  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 263 aa  46.2  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.17 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.88 
 
 		 209 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.61 
 
 		 226 aa  45.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.78 
 
 		 249 aa  44.7  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  23.95 
 
 		 295 aa  44.3  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0961  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.49 
 
 		 270 aa  43.9  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443199  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  24.39 
 
 		 204 aa  43.9  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.39 
 
 		 268 aa  43.5  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09490  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  25.73 
 
 		 213 aa  42.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.198222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.7 
 
 		 223 aa  42.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  24.55 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.47 
 
 		 219 aa  42.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.31 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  25 
 
 		 211 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.74 
 
 		 212 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.1 
 
 		 235 aa  41.6  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.158608  normal  0.102911 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.11 
 
 		 250 aa  41.6  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  24.39 
 
 		 217 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.45 
 
 		 214 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.88 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.04 
 
 		 204 aa  40.8  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  25.45 
 
 		 214 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  25 
 
 		 217 aa  40.4  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3768  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.16 
 
 		 269 aa  40.8  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.19863 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.3 
 
 		 270 aa  40.4  0.008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>