75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_1413 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 140 aa  286  9e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  66.43 
 
 		 140 aa  204  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  65 
 
 		 140 aa  191  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  61.43 
 
 		 140 aa  175  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55 
 
 		 140 aa  163  5.9999999999999996e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.45 
 
 		 150 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.11 
 
 		 152 aa  147  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.84 
 
 		 144 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.67 
 
 		 153 aa  142  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.64 
 
 		 146 aa  131  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.37 
 
 		 168 aa  127  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.06 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.24 
 
 		 149 aa  114  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.37 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  38.58 
 
 		 182 aa  87.4  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  32.09 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.1 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  22.89 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.3 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.24 
 
 		 219 aa  53.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.56 
 
 		 268 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.44 
 
 		 223 aa  52  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  25.61 
 
 		 216 aa  51.6  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 249 aa  50.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.78 
 
 		 237 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.78 
 
 		 237 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.85 
 
 		 250 aa  49.7  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.78 
 
 		 263 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.78 
 
 		 237 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.1 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2384  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.03 
 
 		 280 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.94 
 
 		 226 aa  48.9  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2651  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.03 
 
 		 260 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000224332  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  22.94 
 
 		 295 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09490  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  24.12 
 
 		 213 aa  48.1  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.198222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.78 
 
 		 201 aa  47  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  24.39 
 
 		 240 aa  47  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.17 
 
 		 252 aa  47  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1212  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.84 
 
 		 257 aa  46.2  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.078005 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.64 
 
 		 270 aa  45.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  22.56 
 
 		 217 aa  45.8  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.39 
 
 		 233 aa  45.4  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0961  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.18 
 
 		 270 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443199  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.11 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3768  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.18 
 
 		 269 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.19863 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.36 
 
 		 270 aa  45.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.95 
 
 		 255 aa  45.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.78 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.84 
 
 		 246 aa  44.7  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.78 
 
 		 235 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.158608  normal  0.102911 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  21.95 
 
 		 238 aa  45.1  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  22.56 
 
 		 217 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.17 
 
 		 209 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.61 
 
 		 256 aa  43.9  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  21.76 
 
 		 255 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.17 
 
 		 209 aa  43.9  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.95 
 
 		 248 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.16 
 
 		 206 aa  42.7  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.68 
 
 		 199 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.6 
 
 		 201 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7983  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 		 198 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225021  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.36 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2772  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  37.5 
 
 		 211 aa  42  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.28 
 
 		 211 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.93 
 
 		 198 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.84 
 
 		 209 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1710  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 166 aa  42  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.134658  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.84 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.7 
 
 		 184 aa  40.8  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.46 
 
 		 220 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  24.83 
 
 		 230 aa  40.4  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  23.03 
 
 		 204 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  25.49 
 
 		 282 aa  40  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 		 197 aa  40  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>