27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1389 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 149 aa  304  3e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.96 
 
 		 154 aa  137  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.2 
 
 		 152 aa  135  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.28 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  47.06 
 
 		 140 aa  125  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.44 
 
 		 144 aa  120  5e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.24 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.88 
 
 		 168 aa  110  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  41.67 
 
 		 140 aa  107  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.75 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.91 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.34 
 
 		 146 aa  95.1  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.76 
 
 		 152 aa  88.6  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.15 
 
 		 150 aa  86.7  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  32.06 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  23.2 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.56 
 
 		 270 aa  45.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.39 
 
 		 249 aa  44.3  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09490  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  26.19 
 
 		 213 aa  43.9  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.198222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.58 
 
 		 250 aa  43.5  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.84 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  22.89 
 
 		 217 aa  41.6  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  21.6 
 
 		 216 aa  40.8  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.22 
 
 		 223 aa  40.8  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  19.14 
 
 		 204 aa  40.4  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.25 
 
 		 226 aa  40.4  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.22 
 
 		 263 aa  40  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>