120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1050 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  100 
 
 		 145 aa  296  4e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  73.1 
 
 		 148 aa  229  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  66.21 
 
 		 143 aa  199  9.999999999999999e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  58.33 
 
 		 143 aa  174  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  55.56 
 
 		 140 aa  156  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  47.59 
 
 		 145 aa  134  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  43.75 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  41.78 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  45.14 
 
 		 148 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  40.97 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  40.97 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  40.97 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  40.97 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  40.97 
 
 		 140 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  42.76 
 
 		 146 aa  113  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  41.67 
 
 		 139 aa  113  8.999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  46.21 
 
 		 149 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  39.19 
 
 		 154 aa  110  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  37.16 
 
 		 154 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  40.28 
 
 		 140 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  38.51 
 
 		 173 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  38.51 
 
 		 173 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  34.69 
 
 		 148 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  39.58 
 
 		 140 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  39.58 
 
 		 140 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  40.69 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  39.58 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  37.84 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  37.84 
 
 		 156 aa  104  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  43.92 
 
 		 150 aa  104  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  38.78 
 
 		 152 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  35.37 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  37.84 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  37.16 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  38.1 
 
 		 146 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  37.41 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  40.13 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  36.49 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  38.36 
 
 		 145 aa  101  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  37.16 
 
 		 162 aa  100  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  35.14 
 
 		 162 aa  100  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  36.24 
 
 		 150 aa  99  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  35.42 
 
 		 150 aa  97.8  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  39.58 
 
 		 143 aa  96.3  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  38.19 
 
 		 158 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  36.05 
 
 		 151 aa  94  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  36.05 
 
 		 151 aa  92  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  36.11 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  34.69 
 
 		 151 aa  90.1  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  33.33 
 
 		 143 aa  88.2  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  34.69 
 
 		 146 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  33.33 
 
 		 136 aa  85.5  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  37.5 
 
 		 150 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  38.93 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  39.58 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  35.62 
 
 		 147 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  31.17 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  33.33 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4175  D-ribose pyranase  30.61 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228706  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  30.99 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  30.07 
 
 		 139 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  30.26 
 
 		 139 aa  57  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  31.21 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  32.19 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0795  D-ribose pyranase  34.78 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00053897  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0734  D-ribose pyranase  34.06 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0576  D-ribose pyranase  36.43 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0633  D-ribose pyranase  35.51 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0577  D-ribose pyranase  35.51 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0666  D-ribose pyranase  35.51 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0723  D-ribose pyranase  35.51 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86354e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0561  D-ribose pyranase  32.61 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000181597  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0007  D-ribose pyranase  28.38 
 
 		 139 aa  52  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0142466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0007  D-ribose pyranase  28.38 
 
 		 139 aa  52  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00677295  normal  0.894788 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4210  D-ribose pyranase  28.38 
 
 		 139 aa  52  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768157  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0117  D-ribose pyranase  27.27 
 
 		 132 aa  51.6  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0698  D-ribose pyranase  34.78 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0481903  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4640  D-ribose pyranase  34.06 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.239894  unclonable  1.85437e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0580  D-ribose pyranase  33.33 
 
 		 131 aa  51.2  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4901  D-ribose pyranase  29.05 
 
 		 139 aa  50.8  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  hitchhiker  0.000152099 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3978  D-ribose pyranase  29.53 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317743  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1372  D-ribose pyranase  28.06 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2525  RbsD or FucU transport  30.15 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  27.97 
 
 		 139 aa  50.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3331  D-ribose pyranase  34.06 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4238  D-ribose pyranase  26.95 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0753654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4528  D-ribose pyranase  26.95 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0290987  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06146  D-ribose pyranase  28.28 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1883  D-ribose pyranase  28.06 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000575417  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000342  ribose ABC transport system high affinity permease RbsD  26.76 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4116  D-ribose pyranase  26.97 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.78189  normal  0.0146091 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1801  D-ribose pyranase  28.26 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00217443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>