78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2876 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 143 aa  281  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  52.05 
 
 		 148 aa  137  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  45.07 
 
 		 141 aa  124  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  47.26 
 
 		 151 aa  122  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  48.23 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  45.89 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  45.89 
 
 		 151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  45.89 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  45.89 
 
 		 151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  45.21 
 
 		 151 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  41.96 
 
 		 140 aa  117  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  43.84 
 
 		 150 aa  116  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  43.66 
 
 		 148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  42.18 
 
 		 154 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  42.18 
 
 		 162 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  43.66 
 
 		 149 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  42.86 
 
 		 156 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  43.15 
 
 		 162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  43.06 
 
 		 146 aa  112  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  47.55 
 
 		 143 aa  111  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  41.96 
 
 		 140 aa  110  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  41.96 
 
 		 140 aa  110  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  37.67 
 
 		 151 aa  110  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  41.5 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  46.48 
 
 		 147 aa  107  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  41.13 
 
 		 158 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  39.04 
 
 		 146 aa  103  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  36.3 
 
 		 151 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  38.78 
 
 		 151 aa  97.1  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  34.03 
 
 		 148 aa  95.9  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  38.1 
 
 		 151 aa  95.5  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  42.25 
 
 		 136 aa  95.5  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  41.96 
 
 		 142 aa  93.2  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  31.91 
 
 		 143 aa  92.8  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  36.99 
 
 		 152 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  33.33 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  32.87 
 
 		 145 aa  90.9  5e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  34.04 
 
 		 143 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  35.17 
 
 		 147 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  39.73 
 
 		 150 aa  88.2  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  31.47 
 
 		 140 aa  87.8  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  36.24 
 
 		 146 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  31.43 
 
 		 144 aa  85.9  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  39.52 
 
 		 158 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  38 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  33.57 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  33.57 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  33.57 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  33.57 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  33.57 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  36 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  32.14 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  32.62 
 
 		 139 aa  72  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  37.41 
 
 		 150 aa  70.9  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  29.93 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  34.03 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  33.57 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  37.76 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  26.81 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  34.23 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  31.39 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  30.14 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  30.66 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  30.66 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4201  D-ribose pyranase  35.29 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  31.51 
 
 		 138 aa  46.2  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  28.78 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1961  D-ribose pyranase  27.94 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00175028  normal  0.0489349 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1883  D-ribose pyranase  21.43 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000575417  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1791  D-ribose pyranase  26.62 
 
 		 135 aa  40  0.01  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0045208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>