81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1273 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  100 
 
 
162 aa  325  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  87.01 
 
 
156 aa  276  9e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  84.42 
 
 
154 aa  275  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  85.06 
 
 
154 aa  275  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  72.19 
 
 
151 aa  228  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  71.62 
 
 
173 aa  227  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  71.62 
 
 
173 aa  227  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  70.95 
 
 
151 aa  226  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  70.95 
 
 
151 aa  226  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  71.52 
 
 
151 aa  226  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  72.3 
 
 
162 aa  225  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  67.81 
 
 
151 aa  214  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  64.38 
 
 
151 aa  201  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  63.01 
 
 
151 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  60.96 
 
 
151 aa  185  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  60.27 
 
 
150 aa  184  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  55.33 
 
 
146 aa  167  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  53.69 
 
 
152 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  48.63 
 
 
146 aa  150  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  48.63 
 
 
140 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  48.63 
 
 
140 aa  139  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  45.89 
 
 
146 aa  138  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  47.26 
 
 
140 aa  133  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  47.33 
 
 
148 aa  131  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  47.26 
 
 
148 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  47.26 
 
 
149 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  43.84 
 
 
141 aa  125  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  44.14 
 
 
147 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  45.03 
 
 
145 aa  115  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  44.97 
 
 
147 aa  114  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  40.54 
 
 
148 aa  111  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  39.31 
 
 
144 aa  111  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  37.67 
 
 
143 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  41.5 
 
 
143 aa  108  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  40.67 
 
 
156 aa  106  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  37.41 
 
 
143 aa  104  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  48.05 
 
 
150 aa  102  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  43.92 
 
 
150 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  34.01 
 
 
145 aa  101  5e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  35.14 
 
 
145 aa  100  8e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  35.62 
 
 
140 aa  98.6  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  39.31 
 
 
139 aa  98.2  4e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  38.93 
 
 
143 aa  96.3  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  38.1 
 
 
140 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  38.16 
 
 
158 aa  94  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  38.78 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  38.78 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  38.78 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  38.78 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  38.78 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  43.92 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  37.16 
 
 
150 aa  90.9  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  38.93 
 
 
150 aa  89  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  39.31 
 
 
136 aa  88.6  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  36.3 
 
 
142 aa  86.3  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  37.2 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1372  D-ribose pyranase  26.32 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0514  D-ribose pyranase  29.25 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  28.87 
 
 
139 aa  52.4  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000342  ribose ABC transport system high affinity permease RbsD  26.21 
 
 
139 aa  51.6  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  28.03 
 
 
148 aa  50.8  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  28.76 
 
 
144 aa  50.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0340  D-ribose pyranase  28.67 
 
 
138 aa  49.7  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  29.05 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  28.28 
 
 
139 aa  48.1  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4901  D-ribose pyranase  28.26 
 
 
139 aa  47.8  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  hitchhiker  0.000152099 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  28.17 
 
 
144 aa  44.3  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  31.25 
 
 
139 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  31.25 
 
 
139 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0561  D-ribose pyranase  24.82 
 
 
131 aa  42  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000181597  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4175  D-ribose pyranase  23.19 
 
 
139 aa  42.4  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228706  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  31.69 
 
 
132 aa  40.8  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0580  D-ribose pyranase  28.57 
 
 
131 aa  40.8  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>