81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4633 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 151 aa  312  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  86.09 
 
 		 151 aa  265  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  81.76 
 
 		 151 aa  258  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  69.8 
 
 		 151 aa  223  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  68.87 
 
 		 152 aa  221  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  65.07 
 
 		 154 aa  205  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  65.75 
 
 		 156 aa  205  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  62.42 
 
 		 150 aa  204  4e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  64.38 
 
 		 154 aa  203  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  64.38 
 
 		 162 aa  201  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  63.01 
 
 		 151 aa  196  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  61.64 
 
 		 151 aa  193  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  60.96 
 
 		 162 aa  193  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  60.27 
 
 		 173 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  60.27 
 
 		 173 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  59.59 
 
 		 151 aa  191  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  58.9 
 
 		 151 aa  186  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  50.68 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  46.58 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  45.58 
 
 		 140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  45.58 
 
 		 140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  45.7 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  45.03 
 
 		 148 aa  121  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  42.47 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  42.57 
 
 		 141 aa  117  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  43.15 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  41.78 
 
 		 148 aa  114  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  37.33 
 
 		 156 aa  99.4  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  41.78 
 
 		 145 aa  97.1  8e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  38.67 
 
 		 147 aa  95.5  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  38.78 
 
 		 143 aa  93.2  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  36.05 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  40.27 
 
 		 147 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  36.05 
 
 		 144 aa  91.7  3e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  39.31 
 
 		 136 aa  90.9  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  34.25 
 
 		 143 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  38.51 
 
 		 148 aa  88.6  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  38.26 
 
 		 143 aa  87.8  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  38.26 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  39.86 
 
 		 150 aa  85.5  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  36.49 
 
 		 150 aa  85.5  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  34.67 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  34.67 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  34.67 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  34.67 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  34.67 
 
 		 140 aa  80.9  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  34.67 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  35.76 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  34.67 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  36.67 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  30.2 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  33.77 
 
 		 158 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  30.72 
 
 		 150 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  29.45 
 
 		 140 aa  72  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  32.45 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  32.84 
 
 		 158 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  32 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  31.33 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  29.8 
 
 		 148 aa  50.8  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  30.28 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0795  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00053897  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0734  D-ribose pyranase  28.87 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  26.21 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0723  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86354e-26 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  26.24 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0666  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0577  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0633  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4640  D-ribose pyranase  28.87 
 
 		 131 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.239894  unclonable  1.85437e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0580  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 131 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0698  D-ribose pyranase  28.87 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0481903  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0576  D-ribose pyranase  28.17 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0561  D-ribose pyranase  26.76 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000181597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>