69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1900 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 150 aa  300  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  73.33 
 
 		 150 aa  226  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  72.67 
 
 		 150 aa  190  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  68.21 
 
 		 150 aa  184  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  51.25 
 
 		 156 aa  154  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  50 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  49.31 
 
 		 140 aa  124  6e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  49.31 
 
 		 140 aa  124  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  43.75 
 
 		 140 aa  113  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  43.24 
 
 		 143 aa  112  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  40.28 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  40.14 
 
 		 154 aa  104  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  41.61 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  39.46 
 
 		 145 aa  103  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  43.92 
 
 		 162 aa  102  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  42 
 
 		 151 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  42 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  42 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  41.33 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  42 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  40.14 
 
 		 151 aa  99.4  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  37.67 
 
 		 143 aa  98.6  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  41.33 
 
 		 151 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  39.86 
 
 		 144 aa  97.8  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  41.61 
 
 		 148 aa  97.4  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  35.42 
 
 		 145 aa  97.8  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  39.07 
 
 		 156 aa  97.1  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  38.1 
 
 		 148 aa  97.1  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  35.42 
 
 		 140 aa  95.5  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  40.28 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  40.28 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  40.28 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  40.28 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  40.28 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  41.22 
 
 		 147 aa  92.8  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  42.25 
 
 		 136 aa  92.8  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  42.07 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  40 
 
 		 151 aa  92.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  41.72 
 
 		 146 aa  92  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  41.55 
 
 		 139 aa  90.9  5e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  40.97 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  41.38 
 
 		 142 aa  90.9  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  40.28 
 
 		 148 aa  90.5  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  37.16 
 
 		 150 aa  90.5  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  38.93 
 
 		 146 aa  90.1  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  41.78 
 
 		 145 aa  89.4  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  41.06 
 
 		 150 aa  86.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  38.1 
 
 		 143 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  36.49 
 
 		 151 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  38 
 
 		 147 aa  84  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  36.73 
 
 		 152 aa  83.6  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  33.78 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  35.37 
 
 		 158 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  34.62 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  34.9 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  36.73 
 
 		 158 aa  60.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  35.46 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  35.21 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  35.21 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  31.47 
 
 		 139 aa  40.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2156  D-ribose pyranase  27.97 
 
 		 134 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000592417  normal  0.580313 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>