85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2224 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 156 aa  313  5e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  56.41 
 
 		 150 aa  169  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  64.1 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  51.25 
 
 		 150 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  54.37 
 
 		 150 aa  142  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  44.74 
 
 		 146 aa  118  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  45.03 
 
 		 140 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  45.03 
 
 		 140 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  41.45 
 
 		 143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  45.33 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  45.33 
 
 		 173 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  44 
 
 		 151 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  45.33 
 
 		 173 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  44.67 
 
 		 162 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  43.14 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  45.7 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  44.67 
 
 		 151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  40.67 
 
 		 146 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  43.79 
 
 		 141 aa  111  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  42.67 
 
 		 151 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  41.72 
 
 		 150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  41.45 
 
 		 145 aa  108  3e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  40.67 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  39.33 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  40.27 
 
 		 147 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  44 
 
 		 145 aa  103  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  38 
 
 		 154 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  40.67 
 
 		 156 aa  102  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  40.13 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  41.45 
 
 		 148 aa  101  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  39.47 
 
 		 140 aa  101  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  39.87 
 
 		 144 aa  100  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  39.1 
 
 		 143 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  37.33 
 
 		 151 aa  99.4  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  42 
 
 		 140 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  41.67 
 
 		 139 aa  96.3  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  42 
 
 		 140 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  42 
 
 		 140 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  42 
 
 		 140 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  42 
 
 		 140 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  42 
 
 		 140 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  34.67 
 
 		 151 aa  94.4  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  35.1 
 
 		 151 aa  94  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  36.84 
 
 		 148 aa  93.2  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  39.87 
 
 		 149 aa  92  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  39.22 
 
 		 148 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  36.67 
 
 		 152 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  40.91 
 
 		 147 aa  89.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  35.29 
 
 		 151 aa  89.4  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  37.82 
 
 		 150 aa  84.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  38 
 
 		 143 aa  83.6  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  37.58 
 
 		 136 aa  83.2  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  35.95 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  35 
 
 		 143 aa  78.2  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  33.55 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  28.86 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  34.64 
 
 		 158 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  34.72 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  26.42 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0514  D-ribose pyranase  27.78 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0576  D-ribose pyranase  28.47 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2688  RbsD or FucU transport  24.38 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  26.85 
 
 		 139 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  27.7 
 
 		 139 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  27.21 
 
 		 138 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0007  D-ribose pyranase  26.97 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0142466  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4210  D-ribose pyranase  26.97 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768157  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0007  D-ribose pyranase  26.97 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00677295  normal  0.894788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  26.8 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0795  D-ribose pyranase  27.78 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00053897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  29.14 
 
 		 139 aa  41.6  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0734  D-ribose pyranase  26.39 
 
 		 131 aa  41.2  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0723  D-ribose pyranase  28.47 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86354e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0666  D-ribose pyranase  28.47 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4640  D-ribose pyranase  27.08 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.239894  unclonable  1.85437e-26 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0577  D-ribose pyranase  28.47 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0633  D-ribose pyranase  28.47 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>