82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5200 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 151 aa  303  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  98.01 
 
 		 151 aa  298  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  94 
 
 		 151 aa  286  5.0000000000000004e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  92.67 
 
 		 173 aa  285  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  92.67 
 
 		 173 aa  285  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  94 
 
 		 162 aa  285  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  92 
 
 		 151 aa  285  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  71.52 
 
 		 162 aa  226  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  70.27 
 
 		 156 aa  223  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  68.92 
 
 		 154 aa  217  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  66.89 
 
 		 154 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  63.33 
 
 		 151 aa  201  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  61.64 
 
 		 151 aa  193  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  59.59 
 
 		 151 aa  182  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  58 
 
 		 150 aa  180  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2282  RbsD or FucU transport  59.59 
 
 		 151 aa  178  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.777067  normal  0.350075 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  54.36 
 
 		 146 aa  166  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  50 
 
 		 152 aa  157  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7353  hypothetical protein  46.58 
 
 		 146 aa  154  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242508  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  49.66 
 
 		 148 aa  138  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  47.3 
 
 		 140 aa  131  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  47.3 
 
 		 140 aa  131  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  46.62 
 
 		 140 aa  130  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  47.26 
 
 		 149 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  47.3 
 
 		 148 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  45.89 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4629  RbsD or FucU transport  43.15 
 
 		 146 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.583373 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  46.98 
 
 		 145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  47.97 
 
 		 147 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  40.69 
 
 		 147 aa  110  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  42.67 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  39.19 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  45.89 
 
 		 143 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1450  fucose operon fucU protein  39.31 
 
 		 144 aa  107  6e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  36.49 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  36.49 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  36.24 
 
 		 145 aa  100  5e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  43.24 
 
 		 143 aa  100  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  43.92 
 
 		 158 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  41.33 
 
 		 150 aa  99.8  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  34.93 
 
 		 143 aa  97.1  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  40.38 
 
 		 150 aa  94.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  38.93 
 
 		 139 aa  93.6  9e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  39.86 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  36.49 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  36.49 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  36.49 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  36.49 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  36.49 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2606  RbsD or FucU transport  38 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  34.87 
 
 		 140 aa  91.3  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1703  RbsD or FucU transport  40.69 
 
 		 136 aa  89  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  32.19 
 
 		 140 aa  88.6  3e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0537  RbsD or FucU transport  40.38 
 
 		 150 aa  87  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.675456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3206  RbsD or FucU transport  40.82 
 
 		 150 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000455433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  42.75 
 
 		 158 aa  83.6  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  30.13 
 
 		 148 aa  56.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  28.47 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0514  D-ribose pyranase  31.33 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1372  D-ribose pyranase  27.5 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000342  ribose ABC transport system high affinity permease RbsD  27.81 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0340  D-ribose pyranase  25.83 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  28.17 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  29.25 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  32.37 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  34.04 
 
 		 139 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  29.58 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4901  D-ribose pyranase  25 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  hitchhiker  0.000152099 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  31.91 
 
 		 139 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  31.65 
 
 		 132 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  31.65 
 
 		 132 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4175  D-ribose pyranase  26.43 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  30.72 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06146  D-ribose pyranase  24.83 
 
 		 139 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>