70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2387 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  100 
 
 		 138 aa  277  3e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1648  RbsD or FucU transport  54.74 
 
 		 139 aa  145  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2834  RbsD or FucU transport  51.45 
 
 		 139 aa  138  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.246472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3570  RbsD or FucU transport  50.37 
 
 		 144 aa  122  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.885747  decreased coverage  0.00511053 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1645  RbsD or FucU transport  40.97 
 
 		 148 aa  117  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.337367  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09590  RbsD or FucU transport  39.13 
 
 		 139 aa  116  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  34.31 
 
 		 144 aa  89.4  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0367  RbsD or FucU transport  36.67 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2488  RbsD or FucU transport  31.16 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  30.07 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  30.07 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1603  RbsD or FucU transport  30.07 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2417  RbsD or FucU transport  33.8 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0558761  normal  0.28862 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  30.77 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  34.04 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1050  fucose operon protein FucU  31.21 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.401875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0152  RbsD or FucU transport  31.91 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00574824  normal  0.0236111 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  28.78 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  31.97 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3153  RbsD or FucU transport  29.79 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5973  hypothetical protein  33.33 
 
 		 143 aa  53.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7826  putative ABC-type ribose transport system, auxiliary component  30.46 
 
 		 151 aa  53.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  31.11 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  31.11 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  30.37 
 
 		 132 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4633  RbsD or FucU transport  31.33 
 
 		 151 aa  50.8  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0158  RbsD or FucU transport  30.99 
 
 		 148 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0427821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6388  RbsD or FucU transport  30.67 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2865  RbsD or FucU transport  30.82 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0865  RbsD or FucU transport  29.73 
 
 		 154 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.191121 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1273  sugar binding or transport, RbsD/FucU  29.05 
 
 		 162 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4201  D-ribose pyranase  34.04 
 
 		 130 aa  48.9  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  28.57 
 
 		 151 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  28.57 
 
 		 173 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  28.57 
 
 		 173 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  30.41 
 
 		 162 aa  47  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  29.25 
 
 		 151 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4654  RbsD or FucU transport  29.73 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  28.57 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1403  RbsD  33.82 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.130607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4552  RbsD or FucU transport  29.05 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0100  RbsD or FucU transport  29.29 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0054277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  26.71 
 
 		 151 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0123  RbsD or FucU transport  32.14 
 
 		 158 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.684264 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2120  RbsD or FucU transport  26 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.259491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0709  RbsD or FucU transport  30.5 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0124  RbsD or FucU transport  28.24 
 
 		 158 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.970055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1875  RbsD or FucU transport  29.08 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.436293  normal  0.964746 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1010  RbsD or FucU transport  25.17 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2224  RbsD or FucU transport  27.21 
 
 		 156 aa  42  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0802537 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  31.51 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3219  fucose transport protein  26.39 
 
 		 143 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2280  RbsD or FucU transport  27.54 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.797226  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2945  fucose operon protein FucU  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00726769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02616  hypothetical protein  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4068  fucose operon protein FucU  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00749527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  28.26 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  28.26 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  28.26 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  28.26 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  28.26 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3066  fucose operon protein FucU  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116477  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02655  L-fucose mutarotase  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0908  RbsD or FucU transport  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3109  fucose operon protein FucU  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000727291  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2948  fucose operon protein FucU  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000146975  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0884  RbsD or FucU transport  30.07 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  30.99 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0335  RbsD or FucU transport associated protein  26.53 
 
 		 151 aa  40.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4641  D-ribose pyranase  29.58 
 
 		 132 aa  40.4  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>