103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3487 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3487  D-ribose pyranase  100 
 
 		 132 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472847  normal  0.114556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2459  D-ribose pyranase  96.21 
 
 		 132 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3231  D-ribose pyranase  96.21 
 
 		 132 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1961  D-ribose pyranase  90.91 
 
 		 132 aa  248  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00175028  normal  0.0489349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2372  ribose ABC transporter protein  68.66 
 
 		 134 aa  193  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.12949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2156  D-ribose pyranase  69.4 
 
 		 134 aa  193  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000592417  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1924  D-ribose pyranase  68.66 
 
 		 134 aa  191  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4201  D-ribose pyranase  56.43 
 
 		 130 aa  143  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4641  D-ribose pyranase  55.47 
 
 		 132 aa  137  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323127  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4528  D-ribose pyranase  47.48 
 
 		 139 aa  128  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0290987  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1883  D-ribose pyranase  50 
 
 		 131 aa  126  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000575417  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0163  D-ribose pyranase  48.48 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1602  D-ribose pyranase  49.24 
 
 		 131 aa  124  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000360977  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0340  D-ribose pyranase  46.38 
 
 		 138 aa  124  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4238  D-ribose pyranase  45.32 
 
 		 139 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0753654  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06146  D-ribose pyranase  46.04 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4901  D-ribose pyranase  44.6 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0748188  hitchhiker  0.000152099 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1372  D-ribose pyranase  44.6 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2908  D-ribose pyranase  47.1 
 
 		 131 aa  120  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0315293 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4175  D-ribose pyranase  44.6 
 
 		 139 aa  120  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228706  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4116  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 143 aa  120  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.197034 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3964  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4246  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4172  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4164  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4214  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.629832  normal  0.747016 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4093  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4273  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000342  ribose ABC transport system high affinity permease RbsD  43.88 
 
 		 139 aa  120  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4108  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  119  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.670746  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4219  RbsD or FucU transport  43.17 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4116  D-ribose pyranase  44.6 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.78189  normal  0.0146091 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0011  D-ribose pyranase  45.32 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0007  D-ribose pyranase  46.04 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0142466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0007  D-ribose pyranase  46.04 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00677295  normal  0.894788 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4210  D-ribose pyranase  46.04 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.768157  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5184  D-ribose pyranase  43.17 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0516719  normal  0.987853 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4264  D-ribose pyranase  42.45 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.172258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3978  D-ribose pyranase  44.6 
 
 		 139 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317743  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1041  D-ribose pyranase  47.73 
 
 		 131 aa  117  7e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2688  RbsD or FucU transport  48.89 
 
 		 135 aa  116  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2280  RbsD or FucU transport  40.91 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.797226  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2525  RbsD or FucU transport  49.24 
 
 		 130 aa  115  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3331  D-ribose pyranase  44.78 
 
 		 132 aa  113  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0117  D-ribose pyranase  45.11 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1791  D-ribose pyranase  42.96 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0045208  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1613  D-ribose pyranase  46.97 
 
 		 131 aa  111  4.0000000000000004e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.181987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0514  D-ribose pyranase  42.45 
 
 		 139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0698  D-ribose pyranase  40.28 
 
 		 131 aa  110  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0481903  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0223  D-ribose pyranase  44.6 
 
 		 139 aa  110  6e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00424417  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0405  D-ribose pyranase  47.01 
 
 		 131 aa  110  6e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000120743  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1403  RbsD  45.11 
 
 		 129 aa  110  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.130607 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0795  D-ribose pyranase  44.7 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00053897  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4640  D-ribose pyranase  40.28 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.239894  unclonable  1.85437e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0734  D-ribose pyranase  43.94 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0561  D-ribose pyranase  42.86 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000181597  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0633  D-ribose pyranase  43.94 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0577  D-ribose pyranase  43.94 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0666  D-ribose pyranase  43.94 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0920  RbsD or FucU transport  39.01 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0723  D-ribose pyranase  43.94 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.86354e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0576  D-ribose pyranase  43.94 
 
 		 131 aa  106  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0254  D-ribose pyranase  43.28 
 
 		 134 aa  106  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0260  D-ribose pyranase  43.28 
 
 		 134 aa  106  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2101  D-ribose pyranase  41.04 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1801  D-ribose pyranase  44.2 
 
 		 132 aa  104  3e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00217443  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0580  D-ribose pyranase  42.11 
 
 		 131 aa  104  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1892  RbsD or FucU transport  40.88 
 
 		 154 aa  97.1  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0950  D-ribose pyranase  41.67 
 
 		 129 aa  94.7  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1335  RbsD/FucU transport family protein  41.22 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.548659 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1621  RbsD or FucU transport  38.64 
 
 		 130 aa  87.8  4e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01090  ABC-type ribose transport system, auxiliary component  38.64 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0348  RbsD/FucU family transport protein  31.82 
 
 		 167 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0416  RbsD or FucU transport  31.82 
 
 		 167 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.844403  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3202  RbsD or FucU transport  31.01 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0874902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0395  RbsD or FucU transport  29.23 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00469727  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03576  hypothetical protein  50.98 
 
 		 52 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1337  fucose operon fucU protein  34.56 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1297  fucose operon fucU protein  34.56 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1842  RbsD or FucU transport  34.56 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.218648  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2387  RbsD or FucU transport  30.37 
 
 		 138 aa  51.2  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000121593  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2211  RbsD or FucU transport  33.57 
 
 		 148 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6095  hypothetical protein  31.11 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282205  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1900  RbsD or FucU transport  35.46 
 
 		 150 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0634314  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5200  RbsD or FucU transport  32.37 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.491378  normal  0.136739 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2101  RbsD or FucU transport  32.12 
 
 		 139 aa  45.4  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0876  RbsD or FucU transport  34.04 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4672  RbsD or FucU transport  31.65 
 
 		 151 aa  44.7  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.561738 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3055  RbsD or FucU transport  31.65 
 
 		 173 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5312  RbsD or FucU transport  31.65 
 
 		 173 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.471527 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2876  RbsD or FucU transport  27.08 
 
 		 143 aa  44.3  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3203  fuscose operon FucU protein  27.81 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3188  fuscose operon FucU protein  27.81 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3140  fuscose operon FucU protein  27.81 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.993895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3123  fuscose operon FucU protein  27.81 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00768041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3303  fuscose operon protein FucU  27.81 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3642  RbsD or FucU transport  26.62 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0675148  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3411  RbsD or FucU transport  30.22 
 
 		 162 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125942  normal  0.4743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4957  RbsD or FucU transport  30.94 
 
 		 151 aa  42.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590537  decreased coverage  0.00748515 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7360  hypothetical protein  27.34 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>