More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3954 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3954  protoporphyrinogen oxidase  100 
 
 		 293 aa  584  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3523  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  55.87 
 
 		 286 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3815  modification methylase, HemK family  55.52 
 
 		 286 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2501  HemK family modification methylase  53.17 
 
 		 292 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.132727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2998  HemK family modification methylase  47.37 
 
 		 288 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.29427  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0357  HemK family methyltransferase  45.55 
 
 		 288 aa  240  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1037  HemK family modification methylase  46.1 
 
 		 287 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1799  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  44.77 
 
 		 283 aa  231  8.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.207374  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1868  hemK protein  44.77 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4749  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  44.48 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0113  modification methylase, HemK family  45.56 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7605  putative methyltransferase hemK modifies release factors RF-1 and RF-2  47.86 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.477102  normal  0.154369 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0987  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40.91 
 
 		 285 aa  205  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.285654 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0376  modification methylase HemK  46.84 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.146746  normal  0.807288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0138  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  44.84 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  normal  0.12084 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0611  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  47.21 
 
 		 289 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0680432  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0917  modification methylase, HemK family  48.18 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0954  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  48.18 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00257436  normal  0.0446983 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0469  HemK family modification methylase  46.24 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.667677  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0893  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  47.97 
 
 		 296 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0751  modification methylase HemK  42.91 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0096  HemK family modification methylase  48.76 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0511  HemK family modification methylase  46.3 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.076185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0647  HemK family modification methylase  41.97 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.307152  normal  0.250746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1114  HemK family modification methylase  42.97 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.026044 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02572  peptide release factor-glutamine N5-methyltransferase(HemK)  40.84 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.237156  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2459  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  40.57 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.106531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0072  HemK family modification methylase  48.84 
 
 		 289 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.794826  normal  0.684454 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2691  putative protoporphyrinogen oxidase  42.11 
 
 		 287 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0268628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2178  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.86 
 
 		 276 aa  182  8.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.255664  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0825  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  42.32 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.274264 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1909  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  42.44 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.171628 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2065  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.5 
 
 		 276 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395373  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2622  HemK family modification methylase  43.37 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0388  HemK family modification methylase  38.57 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1807  HemK family modification methylase  38.55 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.371396  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1748  HemK family modification methylase  46.34 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.190909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0473  HemK family modification methylase  39.71 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000302756  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  40.71 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4060  HemK family modification methylase  37.54 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.867838  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3505  HemK family modification methylase  37.37 
 
 		 289 aa  175  9e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.216122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3373  modification methylase, HemK family  34.98 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.359412  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4455  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  44.35 
 
 		 276 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0065  modification methylase, HemK family  36.93 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000787039  hitchhiker  0.00284292 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0895  HemK family modification methylase  42.21 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.272533  normal  0.496142 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2562  HemK family modification methylase  39.93 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.429951  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3103  HemK family modification methylase  35.86 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0690  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40.57 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.38901 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1732  putative protein methyltransferase  39.1 
 
 		 274 aa  169  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0775  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  43.55 
 
 		 276 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0381  modification methylase HemK  36.9 
 
 		 284 aa  168  9e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0762  HemK family modification methylase  43.55 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.53968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2906  putative methylase  43.43 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1551  HemK family modification methylase  43.43 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00225309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2359  HemK family modification methylase  39.39 
 
 		 285 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0734  methyl transferase  43.15 
 
 		 276 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004202  Polypeptide chain release factor methylase  35.94 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.19334  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2428  HemK family modification methylase  35.35 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.185206  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3250  protein methyltransferase hemK  37.19 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0880397 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1808  modification methylase, HemK family  36.73 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0435  modification methylase HemK  41.22 
 
 		 286 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3598  HemK family modification methylase  38.7 
 
 		 282 aa  161  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1061  HemK family modification methylase  41.79 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1110  hemK protein  39.49 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2082  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  33.91 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000794612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1875  HemK family modification methylase  36.13 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.210428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1030  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  37.97 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.864294  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0139  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40.15 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.64075  normal  0.129915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3523  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40.46 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.044842  normal  0.135184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1608  modification methylase, HemK family protein  36.1 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0638974  normal  0.595082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5313  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40.61 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0413  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  33.1 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000613381  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2113  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.92 
 
 		 281 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2073  modification methylase, HemK family  37.99 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2596  HemK family modification methylase  41.18 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.944902  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0509  HemK family modification methylase  41.18 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0093  HemK family modification methylase  35.34 
 
 		 279 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.165478  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2396  HemK family modification methylase  37.23 
 
 		 283 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.299117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2889  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  41.9 
 
 		 280 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.479944 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0147  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  37.45 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.131703  normal  0.172297 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2540  modification methylase, HemK family  36.88 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000199798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0948  peptide release factor glutamine N(5)-methylase  35.45 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0272  HemK family modification methylase  42.86 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01251  hypothetical protein  35.82 
 
 		 285 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2713  HemK family modification methylase  38.85 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0521  HemK protein, putative protoporphyrinogen oxidase  37.78 
 
 		 274 aa  155  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0481  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40.78 
 
 		 280 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3596  modification methylase HemK  40.71 
 
 		 280 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.900559 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0851  protoporphyrinogen oxidase  41.02 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2406  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.42 
 
 		 281 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0779  Methyltransferase type 12  39.78 
 
 		 280 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0455874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1651  HemK family modification methylase  35.92 
 
 		 280 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.790861  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0765  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  41.41 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.267052  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1857  modification methylase, HemK family  37.78 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.283193  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04588  protein methyltransferase HemK (Protein-glutamine N-methyltransferase hemK) (Protein-(glutamine-N5) MTase hemK)  40.86 
 
 		 281 aa  152  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1930  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  36.76 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00345869  normal  0.0875835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2336  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.13 
 
 		 276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1309  modification methylase, HemK family  33.45 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.114861 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0267  HemK family modification methylase  36.36 
 
 		 283 aa  152  8.999999999999999e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1383  HemK family modification methylase  35.85 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>