More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5519 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5519  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
381 aa  760    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4061  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.63 
 
 
375 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.16 
 
 
372 aa  155  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.32 
 
 
387 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  34.29 
 
 
362 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.96 
 
 
377 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.23 
 
 
381 aa  144  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.31 
 
 
369 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.76 
 
 
382 aa  143  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.13 
 
 
381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.56 
 
 
384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.28 
 
 
370 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.52 
 
 
368 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.84 
 
 
382 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.35 
 
 
378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.99 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4429  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.7 
 
 
393 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.104303  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.75 
 
 
367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.09 
 
 
390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.21 
 
 
378 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.77 
 
 
377 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.12 
 
 
370 aa  133  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.17 
 
 
369 aa  133  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.6 
 
 
373 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.46 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.92 
 
 
373 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.74 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.21 
 
 
371 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.41 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.41 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  32.99 
 
 
361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.07 
 
 
390 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  33.05 
 
 
383 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.07 
 
 
390 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.6 
 
 
384 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.07 
 
 
390 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.33 
 
 
390 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.96 
 
 
377 aa  125  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.38 
 
 
372 aa  124  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
389 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.11 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.37 
 
 
377 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.04 
 
 
370 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.21 
 
 
381 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.68 
 
 
374 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.06 
 
 
390 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.1 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3214  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.1 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.843392 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  39.05 
 
 
359 aa  119  7e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.32 
 
 
375 aa  119  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.93 
 
 
389 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.42 
 
 
364 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5367  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.74 
 
 
380 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491855 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.48 
 
 
389 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.18 
 
 
390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  27.42 
 
 
391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.29 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.15 
 
 
370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 
375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 
370 aa  114  3e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  27.76 
 
 
391 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.01 
 
 
379 aa  113  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  30.58 
 
 
360 aa  113  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.84 
 
 
396 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.32 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.82 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  27.73 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.84 
 
 
398 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.84 
 
 
398 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.84 
 
 
398 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.84 
 
 
398 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 
398 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.27 
 
 
356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106418  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.69 
 
 
391 aa  110  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.78 
 
 
386 aa  110  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.83 
 
 
379 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1354  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.94 
 
 
392 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.977572  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.28 
 
 
421 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.49 
 
 
369 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.6 
 
 
383 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.3 
 
 
358 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.93 
 
 
398 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.56 
 
 
366 aa  107  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1361  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.62 
 
 
369 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.200471  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1425  muconate and chloromuconate cycloisomerase  32.62 
 
 
369 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.548292  normal  0.323436 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  26.13 
 
 
385 aa  106  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.03 
 
 
387 aa  105  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 
384 aa  105  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  26.87 
 
 
502 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.14 
 
 
383 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.96 
 
 
362 aa  104  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.33 
 
 
391 aa  104  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  27.98 
 
 
382 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0846  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.02 
 
 
391 aa  104  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.122674  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  27.98 
 
 
382 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.23 
 
 
372 aa  103  4e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  27.98 
 
 
382 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  27.98 
 
 
382 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  27.98 
 
 
382 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  27.98 
 
 
382 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>