More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3260 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
464 aa  922    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.51 
 
 
477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.83 
 
 
465 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  59.05 
 
 
482 aa  449  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.49 
 
 
483 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.47 
 
 
465 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.74 
 
 
479 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.54 
 
 
498 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.26 
 
 
465 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.68 
 
 
466 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  48.71 
 
 
463 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.14 
 
 
463 aa  365  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.14 
 
 
463 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.5 
 
 
463 aa  353  4e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.86 
 
 
463 aa  352  8e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.49 
 
 
464 aa  347  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.18 
 
 
463 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.97 
 
 
463 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.26 
 
 
458 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.75 
 
 
480 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.39 
 
 
466 aa  291  2e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.71 
 
 
463 aa  278  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.84 
 
 
472 aa  261  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.84 
 
 
472 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.84 
 
 
472 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.63 
 
 
472 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.63 
 
 
472 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.63 
 
 
472 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  38.63 
 
 
472 aa  259  9e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  39.48 
 
 
472 aa  253  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.31 
 
 
469 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
451 aa  239  5.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.85 
 
 
465 aa  229  1e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 
448 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.37 
 
 
469 aa  211  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.75 
 
 
462 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 
477 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  38.08 
 
 
482 aa  208  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  41.61 
 
 
463 aa  195  1e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.54 
 
 
487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.83 
 
 
448 aa  186  6e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
478 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  36.03 
 
 
416 aa  174  3.9999999999999995e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.15 
 
 
528 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  32.91 
 
 
584 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  25.88 
 
 
570 aa  144  4e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  25.71 
 
 
539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.07 
 
 
462 aa  139  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  29.59 
 
 
549 aa  124  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.52 
 
 
407 aa  118  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31 
 
 
393 aa  118  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.78 
 
 
403 aa  118  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  36.41 
 
 
403 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0608  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.82 
 
 
398 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3513  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.02 
 
 
387 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.590077  normal  0.347473 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
403 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  28.46 
 
 
416 aa  113  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.8 
 
 
368 aa  113  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32 
 
 
418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.8 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.62 
 
 
423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  32 
 
 
418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5037  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.33 
 
 
398 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.62 
 
 
374 aa  111  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.94 
 
 
401 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  30.04 
 
 
390 aa  110  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  29.78 
 
 
381 aa  110  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  29.78 
 
 
381 aa  110  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.44 
 
 
402 aa  110  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.07 
 
 
381 aa  110  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  31.62 
 
 
423 aa  110  7.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4232  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.77 
 
 
372 aa  110  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.6 
 
 
391 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.62 
 
 
377 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.495897  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.76 
 
 
406 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
404 aa  109  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  28.83 
 
 
450 aa  108  1e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.43 
 
 
401 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.99 
 
 
388 aa  109  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  34.8 
 
 
389 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  33.66 
 
 
395 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.48 
 
 
415 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.23 
 
 
383 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  30.89 
 
 
381 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.89 
 
 
381 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  32.83 
 
 
416 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.46 
 
 
416 aa  108  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13301  hypothetical protein  34.78 
 
 
394 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.76 
 
 
390 aa  108  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.38 
 
 
381 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  30.29 
 
 
406 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
390 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  30.29 
 
 
406 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  30.29 
 
 
406 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  30.29 
 
 
406 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  32.84 
 
 
393 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.34 
 
 
375 aa  107  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.69 
 
 
418 aa  106  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.11 
 
 
407 aa  106  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.93 
 
 
415 aa  106  7e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>