More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3513 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3513  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
387 aa  787    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.590077  normal  0.347473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3050  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.38 
 
 
398 aa  607  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.682037  normal  0.134859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3896  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  80.38 
 
 
397 aa  592  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00515668  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.73 
 
 
395 aa  250  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
407 aa  237  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.27 
 
 
388 aa  237  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  37.4 
 
 
406 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.87 
 
 
406 aa  232  9e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
429 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  38.01 
 
 
407 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  38.5 
 
 
396 aa  229  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  38.77 
 
 
396 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.91 
 
 
418 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36 
 
 
411 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  36.22 
 
 
412 aa  227  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.95 
 
 
413 aa  226  7e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.33 
 
 
415 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.85 
 
 
396 aa  225  1e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
414 aa  225  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.24 
 
 
395 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
407 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 
418 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.17 
 
 
411 aa  223  6e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  34.03 
 
 
393 aa  222  7e-57  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.52 
 
 
405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  35.04 
 
 
389 aa  219  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
391 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.972451  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1666  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
391 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
407 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  33.77 
 
 
393 aa  219  8.999999999999998e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.42 
 
 
382 aa  218  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.48 
 
 
404 aa  218  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.89 
 
 
403 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.98 
 
 
394 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4446  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase /bile acid-inducible protein F  37.94 
 
 
393 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  35.64 
 
 
416 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.85 
 
 
424 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
406 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 
410 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.514064  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3001  CAIB/BAIF family protein  34.21 
 
 
410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0834933  normal  0.0227508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2579  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.4 
 
 
425 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000133596 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
383 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0423169 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1639  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.58 
 
 
406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.51 
 
 
419 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2780  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.88 
 
 
508 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
407 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
415 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2702  CAIB/BAIF family protein  35.88 
 
 
544 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1754  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.88 
 
 
508 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3055  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.88 
 
 
508 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.81 
 
 
406 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248641 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2647  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.88 
 
 
502 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.185398  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.83 
 
 
413 aa  213  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2263  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.88 
 
 
503 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.549063  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.18 
 
 
426 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1536  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.88 
 
 
500 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157029  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.63 
 
 
413 aa  212  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.97 
 
 
407 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.79 
 
 
390 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1584  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.6 
 
 
388 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.554978  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3480  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.92 
 
 
406 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  36.68 
 
 
382 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.71 
 
 
412 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.32 
 
 
409 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4814  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.05 
 
 
396 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.408947 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.85 
 
 
401 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  35.22 
 
 
425 aa  210  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.4 
 
 
384 aa  210  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.45 
 
 
417 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.39 
 
 
415 aa  209  7e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.64 
 
 
434 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0237  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.6 
 
 
419 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.34 
 
 
388 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181246  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.16 
 
 
407 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  33.59 
 
 
450 aa  207  2e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  36.9 
 
 
411 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
406 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.51 
 
 
435 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.8 
 
 
395 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1834  CAIB/BAIF family CoA transferase  35.53 
 
 
479 aa  207  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
423 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.1 
 
 
388 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3024  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 
416 aa  207  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.59 
 
 
407 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.31 
 
 
401 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.83 
 
 
418 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.2 
 
 
409 aa  206  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.68 
 
 
419 aa  206  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
415 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.83 
 
 
418 aa  206  6e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  33.6 
 
 
381 aa  206  6e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  34.05 
 
 
406 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.05 
 
 
406 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.6 
 
 
381 aa  205  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5508  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
406 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  33.6 
 
 
381 aa  205  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4764  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.74 
 
 
406 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227402  normal  0.488561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5353  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.01 
 
 
406 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>