106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2731 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 147 aa  304  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 		 144 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  51.37 
 
 		 146 aa  153  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  49.65 
 
 		 145 aa  149  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  53.85 
 
 		 144 aa  148  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  48.95 
 
 		 143 aa  134  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  50.35 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.59 
 
 		 146 aa  126  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.59 
 
 		 146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  44.2 
 
 		 138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  44.83 
 
 		 144 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  47.1 
 
 		 138 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  43.48 
 
 		 138 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  45.52 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  44.44 
 
 		 144 aa  103  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  41.55 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  38.19 
 
 		 145 aa  102  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  44.14 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  45.52 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  46.38 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  47.1 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  46.38 
 
 		 138 aa  100  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  46.38 
 
 		 138 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  46.38 
 
 		 138 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  46.38 
 
 		 138 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  47.14 
 
 		 138 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  45.52 
 
 		 142 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  46.38 
 
 		 138 aa  99  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  37.06 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  37.32 
 
 		 154 aa  87.8  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.57 
 
 		 140 aa  87.4  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.48 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.38 
 
 		 154 aa  84.3  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.72 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.03 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  32.89 
 
 		 142 aa  68.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.65 
 
 		 139 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.27 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.64 
 
 		 147 aa  67  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  32.89 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  30.72 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  32 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  31.54 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  31.54 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.23 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.23 
 
 		 163 aa  61.6  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  25.81 
 
 		 144 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.23 
 
 		 156 aa  60.1  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  30.87 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.36 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 167 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  28.19 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  26.4 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  28 
 
 		 142 aa  57  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.41 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.21 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  31.13 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.95 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  31.13 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.95 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.17 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.95 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  27.78 
 
 		 154 aa  53.5  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0561  DNA polymerase III subunit chi  32.73 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  27.97 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  27.54 
 
 		 141 aa  50.8  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  27.54 
 
 		 141 aa  50.4  0.000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  33.06 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.27 
 
 		 156 aa  48.5  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.78 
 
 		 146 aa  48.1  0.00004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  30 
 
 		 157 aa  47.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  29.17 
 
 		 150 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 149 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 149 aa  47  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 149 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  25.78 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.74 
 
 		 166 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  31.63 
 
 		 151 aa  44.7  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  26.19 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  27.84 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  26.43 
 
 		 150 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0286  DNA polymerase III, chi subunit  23.64 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.76 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  26 
 
 		 150 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  26 
 
 		 150 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  21.6 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2203  DNA polymerase III, chi subunit  21.6 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.573  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 		 149 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  30 
 
 		 149 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>