More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0221 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0221  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3308  LysR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 293 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1636  transcriptional regulator, LysR family  68.15 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5797  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 295 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0437  LysR family transcriptional regulator  58.98 
 
 		 299 aa  348  8e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0228897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0296  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 328 aa  347  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0647  LysR family transcriptional regulator  61.32 
 
 		 301 aa  344  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1082  LysR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0418  transcriptional regulator, LysR family  58.76 
 
 		 306 aa  338  8e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.302779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1332  transcriptional regulator, LysR family  56.66 
 
 		 294 aa  336  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2665  transcription regulator protein  45.14 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.824942  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2901  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2495  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2788  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 296 aa  225  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2925  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33840  putative transcriptional regulator  40.69 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.850535  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.28 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2878  putative transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330988  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2871  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0375  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1564  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1228  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.272514  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0416  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1751  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2989  transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.404761  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 321 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 309 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.38 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.03 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>