56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004038 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  100 
 
 		 183 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  83.33 
 
 		 162 aa  279  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  58.04 
 
 		 183 aa  162  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  44.32 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  43.09 
 
 		 205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  43.24 
 
 		 201 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  45.12 
 
 		 186 aa  127  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  41.9 
 
 		 204 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  42.2 
 
 		 188 aa  124  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  43.35 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  43.35 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  44.25 
 
 		 194 aa  122  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  42.77 
 
 		 198 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  43.02 
 
 		 187 aa  121  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  41.62 
 
 		 198 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  46.45 
 
 		 218 aa  117  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 200 aa  117  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  37.11 
 
 		 209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  42.68 
 
 		 202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  44.97 
 
 		 171 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  42.33 
 
 		 205 aa  104  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 186 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  41.04 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  42.51 
 
 		 195 aa  95.9  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  37.28 
 
 		 206 aa  90.9  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  40.65 
 
 		 187 aa  89.4  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  47.41 
 
 		 193 aa  88.2  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  35.23 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  32.1 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  32.3 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  30.67 
 
 		 205 aa  49.7  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  27.7 
 
 		 205 aa  48.5  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  35.11 
 
 		 523 aa  47.8  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.29 
 
 		 487 aa  47.4  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.29 
 
 		 487 aa  47.4  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  33.72 
 
 		 298 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  28.74 
 
 		 515 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  31.87 
 
 		 541 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  30.43 
 
 		 541 aa  45.8  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  31.87 
 
 		 547 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  30.07 
 
 		 284 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  26.38 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  27.18 
 
 		 486 aa  45.1  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  29.3 
 
 		 290 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  28.17 
 
 		 342 aa  44.7  0.0008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  28.39 
 
 		 204 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  29.14 
 
 		 289 aa  44.3  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  25.7 
 
 		 280 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  34.34 
 
 		 292 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13471  hypothetical protein  28 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  25.88 
 
 		 569 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2931  hypothetical protein  28.29 
 
 		 209 aa  42  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  32.1 
 
 		 554 aa  41.6  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  28.17 
 
 		 342 aa  41.6  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  29.68 
 
 		 281 aa  41.2  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  25.52 
 
 		 198 aa  41.2  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>