More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0805 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0805  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
386 aa  768    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.623629  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  69.07 
 
 
387 aa  518  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.01 
 
 
388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  57.33 
 
 
388 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  57.66 
 
 
388 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.66 
 
 
388 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.14 
 
 
389 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.4 
 
 
388 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
389 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.95 
 
 
386 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.06 
 
 
390 aa  432  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.32 
 
 
390 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.83 
 
 
386 aa  432  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.83 
 
 
386 aa  428  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.99 
 
 
387 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.73 
 
 
387 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.84 
 
 
389 aa  430  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  54.31 
 
 
392 aa  425  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.35 
 
 
386 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.35 
 
 
386 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2135  malate--CoA ligase subunit beta  54.83 
 
 
390 aa  424  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1799  malate--CoA ligase subunit beta  54.83 
 
 
390 aa  424  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.81 
 
 
391 aa  425  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1751  malate--CoA ligase subunit beta  54.83 
 
 
390 aa  425  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.7 
 
 
388 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.09 
 
 
386 aa  424  1e-117  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.09 
 
 
386 aa  424  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.09 
 
 
386 aa  424  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.09 
 
 
386 aa  424  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.56 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
397 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.56 
 
 
386 aa  421  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  54.71 
 
 
399 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  54.57 
 
 
392 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
397 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01877  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.95 
 
 
388 aa  424  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.527866  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  54.66 
 
 
392 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.7 
 
 
388 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.2 
 
 
397 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.146804  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3757  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
388 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3509  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.019231  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1374  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.45 
 
 
390 aa  419  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.3 
 
 
386 aa  420  1e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1668  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.11525  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.24 
 
 
392 aa  419  1e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.56 
 
 
386 aa  421  1e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.98 
 
 
397 aa  418  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29740  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.47 
 
 
389 aa  414  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.05 
 
 
390 aa  417  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.48 
 
 
390 aa  413  1e-114  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.42 
 
 
399 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.14 
 
 
388 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2181  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
409 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.76 
 
 
410 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0967  succinyl-CoA synthase, beta subunit  58.78 
 
 
386 aa  408  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2626  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00132784  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
388 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2513  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.955755  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.79 
 
 
391 aa  410  1e-113  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1716  malate--CoA ligase subunit beta  53.48 
 
 
399 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.44 
 
 
389 aa  408  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.85 
 
 
388 aa  408  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.5 
 
 
398 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1838  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.062455  normal  0.042007 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.18 
 
 
389 aa  408  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2341  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.188241  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2506  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
388 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00062173  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.77 
 
 
388 aa  408  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.67 
 
 
398 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.52 
 
 
391 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004110  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] beta chain  57.85 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.96 
 
 
387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2240  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.76 
 
 
391 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.014872  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.19 
 
 
400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.92 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.22 
 
 
392 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2267  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.66 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.19 
 
 
387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.7 
 
 
398 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.92 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1839  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.4 
 
 
388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  normal  0.060899 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2812  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.14 
 
 
388 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0587  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.67 
 
 
387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
388 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.258222  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
388 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00288074  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0425  succinyl-CoA synthase, beta subunit  54.67 
 
 
387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.752721  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0807295  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3257  malate--CoA ligase subunit beta  53.25 
 
 
389 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1429  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.66 
 
 
388 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.44 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.45 
 
 
388 aa  404  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2912  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.26 
 
 
388 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2103  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.99 
 
 
388 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32957  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1238  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.99 
 
 
388 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.988188  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.59 
 
 
388 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610511  normal  0.0166636 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.56 
 
 
384 aa  404  1e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53 
 
 
392 aa  404  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>