74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3583 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3583  hypothetical protein  100 
 
 		 95 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0393  hypothetical protein  59.32 
 
 		 73 aa  77.4  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.509195 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7734  hypothetical protein  51.79 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7051  hypothetical protein  47.27 
 
 		 81 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2607  hypothetical protein  53.57 
 
 		 91 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.879556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35990  hypothetical protein  53.57 
 
 		 89 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2328  hypothetical protein  53.57 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0685  hypothetical protein  53.57 
 
 		 91 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1984  hypothetical protein  53.57 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.216874  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1262  hypothetical protein  44.59 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2619  hypothetical protein  55.36 
 
 		 93 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0235815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2934  hypothetical protein  53.57 
 
 		 106 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.903297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3732  hypothetical protein  53.57 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3527  hypothetical protein  53.57 
 
 		 93 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.585249  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1484  hypothetical protein  53.57 
 
 		 108 aa  57.4  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.144811 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3025  hypothetical protein  53.57 
 
 		 108 aa  57  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2722  hypothetical protein  53.57 
 
 		 98 aa  57  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1253  hypothetical protein  50 
 
 		 105 aa  54.3  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2652  hypothetical protein  50 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.233996  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1287  hypothetical protein  50 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1877  hypothetical protein  50 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4165  hypothetical protein  48.21 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1141  hypothetical protein  50 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1245  hypothetical protein  42.47 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3521  DNA binding domain protein, excisionase family  45 
 
 		 70 aa  51.6  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2021  DNA binding domain protein, excisionase family  43.94 
 
 		 77 aa  51.2  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0859  putative transcriptional regulator, MerR family  44.07 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1452  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7430  hypothetical protein  44.23 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1535  phage transcriptional regulator, AlpA  35.82 
 
 		 73 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1818  hypothetical protein  43.86 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1284  hypothetical protein  44.9 
 
 		 66 aa  49.3  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195028  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1445  excision promoter, Xis  46.3 
 
 		 89 aa  48.9  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1678  hypothetical protein  36.36 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3400  excisionase/Xis, DNA-binding  50 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.149044  normal  0.941733 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0015  regulatory protein MerR  46.94 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0794  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2085  hypothetical protein  42.11 
 
 		 77 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2038  hypothetical protein  45.1 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3473  DNA binding domain protein, excisionase family  42.11 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23900  MerR family regulatory protein  42.55 
 
 		 58 aa  44.7  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0883926  normal  0.115779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3530  hypothetical protein  44.23 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.178244  normal  0.905773 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1205  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3496  DNA binding domain protein, excisionase family  47.92 
 
 		 76 aa  44.3  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1568  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 78 aa  43.9  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2925  hypothetical protein  42.11 
 
 		 66 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.318513  normal  0.0737042 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3178  putative transcriptional regulator  41.27 
 
 		 93 aa  43.5  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3852  hypothetical protein  34.72 
 
 		 280 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4319  hypothetical protein  38.24 
 
 		 170 aa  42.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7730  hypothetical protein  44.23 
 
 		 91 aa  42.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.196899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2797  hypothetical protein  48.08 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.160202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1723  hypothetical protein  33.33 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3369  hypothetical protein  38.46 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0131  hypothetical protein  38.46 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.225906  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2014  hypothetical protein  40.43 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3909  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2071  regulatory protein MerR  46.51 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000949054  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1035  putative transcriptor regulator  35.71 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.112928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1513  hypothetical protein  42.31 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0913  hypothetical protein  42.31 
 
 		 69 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0255062 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1229  phage transcriptional regulator, AlpA  33.78 
 
 		 80 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.470338  normal  0.459813 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3183  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0695  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4016  hypothetical protein  42.31 
 
 		 93 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.111563 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0845  hypothetical protein  38.33 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0108043 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3075  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0711  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0580  hypothetical protein  42.31 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1608  hypothetical protein  33.85 
 
 		 89 aa  40.4  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.254623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0561  DNA binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 59 aa  40.8  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3016  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3346  hypothetical protein  38.6 
 
 		 100 aa  40.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.599025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3816  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.749646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1488  hypothetical protein  43.4 
 
 		 92 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1960  hypothetical protein  42.86 
 
 		 69 aa  40  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>