67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3909 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3909  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 94 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3346  hypothetical protein  86.67 
 
 		 100 aa  153  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.599025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3816  putative transcriptional regulator  77.78 
 
 		 93 aa  134  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.749646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7730  hypothetical protein  78.65 
 
 		 91 aa  133  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.196899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1488  hypothetical protein  72.34 
 
 		 92 aa  132  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0524  phage transcriptional regulator, AlpA  73.4 
 
 		 93 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0760  hypothetical protein  81.33 
 
 		 96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.629902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2867  putative transcriptional regulator  82.43 
 
 		 97 aa  127  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3178  putative transcriptional regulator  71.26 
 
 		 93 aa  124  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7430  hypothetical protein  67.82 
 
 		 87 aa  121  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3559  hypothetical protein  69.05 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3841  putative transcriptional regulator  69.66 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.329944  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1608  hypothetical protein  69.62 
 
 		 89 aa  117  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.254623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3075  putative transcriptional regulator  68.54 
 
 		 93 aa  117  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4016  hypothetical protein  77.63 
 
 		 93 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.111563 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3183  putative transcriptional regulator  76 
 
 		 93 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0695  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2338  hypothetical protein  70.89 
 
 		 89 aa  113  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.440065  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0580  hypothetical protein  76 
 
 		 92 aa  113  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3016  putative transcriptional regulator  69.05 
 
 		 93 aa  113  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1513  hypothetical protein  78.08 
 
 		 93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1205  putative transcriptional regulator  72.73 
 
 		 93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3530  hypothetical protein  72.73 
 
 		 93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.178244  normal  0.905773 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3682  hypothetical protein  65 
 
 		 88 aa  111  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0183  hypothetical protein  71.83 
 
 		 252 aa  110  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2495  putative transcriptional regulator  70.83 
 
 		 80 aa  108  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.443974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0711  putative transcriptional regulator  69.62 
 
 		 93 aa  106  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0365  hypothetical protein  69.01 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2625  hypothetical protein  63.51 
 
 		 86 aa  102  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1035  putative transcriptor regulator  59.74 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.112928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0982  hypothetical protein  61.33 
 
 		 98 aa  96.3  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0764635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2797  hypothetical protein  61.43 
 
 		 83 aa  95.5  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.160202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2248  hypothetical protein  56.96 
 
 		 95 aa  88.2  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0845  hypothetical protein  63.33 
 
 		 80 aa  85.5  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0108043 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3369  hypothetical protein  61.67 
 
 		 89 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0131  hypothetical protein  61.67 
 
 		 89 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.225906  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2085  hypothetical protein  55.88 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35990  hypothetical protein  52.78 
 
 		 89 aa  72  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2038  hypothetical protein  53.73 
 
 		 93 aa  72.4  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1141  hypothetical protein  54.84 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2328  hypothetical protein  51.35 
 
 		 91 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3527  hypothetical protein  52.17 
 
 		 93 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.585249  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1262  hypothetical protein  51.35 
 
 		 94 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4165  hypothetical protein  58.33 
 
 		 100 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3732  hypothetical protein  51.39 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1984  hypothetical protein  51.39 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.216874  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2619  hypothetical protein  53.85 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0235815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2722  hypothetical protein  50.72 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3025  hypothetical protein  50.72 
 
 		 108 aa  67.8  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0685  hypothetical protein  50.7 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2607  hypothetical protein  50.7 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.879556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1253  hypothetical protein  50.72 
 
 		 105 aa  67  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2652  hypothetical protein  50.72 
 
 		 93 aa  67  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.233996  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1877  hypothetical protein  50.72 
 
 		 93 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1287  hypothetical protein  52.31 
 
 		 93 aa  67  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1484  hypothetical protein  55 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.144811 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2934  hypothetical protein  52.46 
 
 		 106 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.903297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1818  hypothetical protein  53.45 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1960  hypothetical protein  38.71 
 
 		 69 aa  47.8  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2014  hypothetical protein  46.81 
 
 		 89 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1245  hypothetical protein  36.92 
 
 		 94 aa  44.3  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1229  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.470338  normal  0.459813 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1568  phage transcriptional regulator, AlpA  31.34 
 
 		 78 aa  42  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0015  regulatory protein MerR  40 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0393  hypothetical protein  32.86 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.509195 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3852  hypothetical protein  40 
 
 		 280 aa  40.4  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2925  hypothetical protein  42.37 
 
 		 66 aa  40.4  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.318513  normal  0.0737042 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2021  DNA binding domain protein, excisionase family  41.38 
 
 		 77 aa  40.4  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>