71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3178 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3178  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 93 aa  187  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3075  putative transcriptional regulator  79.57 
 
 		 93 aa  152  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3016  putative transcriptional regulator  79.57 
 
 		 93 aa  150  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3841  putative transcriptional regulator  77.42 
 
 		 93 aa  144  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.329944  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1205  putative transcriptional regulator  72.04 
 
 		 93 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7730  hypothetical protein  77.78 
 
 		 91 aa  138  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.196899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3530  hypothetical protein  72.04 
 
 		 93 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.178244  normal  0.905773 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3183  putative transcriptional regulator  76.74 
 
 		 93 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0695  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0524  phage transcriptional regulator, AlpA  71.91 
 
 		 93 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1513  hypothetical protein  68.82 
 
 		 93 aa  131  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0580  hypothetical protein  73.17 
 
 		 92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4016  hypothetical protein  73.17 
 
 		 93 aa  128  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.111563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3816  putative transcriptional regulator  70.97 
 
 		 93 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.749646 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3909  putative transcriptional regulator  71.26 
 
 		 94 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0711  putative transcriptional regulator  69.77 
 
 		 93 aa  121  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3346  hypothetical protein  70.73 
 
 		 100 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.599025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0760  hypothetical protein  69.32 
 
 		 96 aa  113  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.629902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2867  putative transcriptional regulator  75 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1488  hypothetical protein  67.06 
 
 		 92 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3559  hypothetical protein  62.65 
 
 		 89 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0365  hypothetical protein  69.33 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1035  putative transcriptor regulator  58.51 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.112928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0183  hypothetical protein  63.38 
 
 		 252 aa  100  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7430  hypothetical protein  60.92 
 
 		 87 aa  100  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2338  hypothetical protein  66.67 
 
 		 89 aa  99.8  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.440065  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3682  hypothetical protein  67.61 
 
 		 88 aa  98.2  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2495  putative transcriptional regulator  68.06 
 
 		 80 aa  96.3  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.443974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2625  hypothetical protein  66.22 
 
 		 86 aa  95.9  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1608  hypothetical protein  62.16 
 
 		 89 aa  95.1  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.254623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0982  hypothetical protein  62.86 
 
 		 98 aa  92.8  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0764635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2797  hypothetical protein  55.56 
 
 		 83 aa  89.4  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.160202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2248  hypothetical protein  54.55 
 
 		 95 aa  87.4  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0845  hypothetical protein  68.33 
 
 		 80 aa  87  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0108043 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3369  hypothetical protein  66.67 
 
 		 89 aa  80.5  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0131  hypothetical protein  66.67 
 
 		 89 aa  80.5  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.225906  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2085  hypothetical protein  63.93 
 
 		 77 aa  75.1  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2038  hypothetical protein  53.85 
 
 		 93 aa  73.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1141  hypothetical protein  52.17 
 
 		 98 aa  72  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35990  hypothetical protein  54.93 
 
 		 89 aa  72.4  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3527  hypothetical protein  58.06 
 
 		 93 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.585249  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2328  hypothetical protein  53.42 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3732  hypothetical protein  53.52 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1262  hypothetical protein  53.42 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1984  hypothetical protein  53.52 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.216874  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2619  hypothetical protein  58.06 
 
 		 93 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0235815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3025  hypothetical protein  56.45 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1287  hypothetical protein  56.45 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2722  hypothetical protein  56.45 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2652  hypothetical protein  56.45 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.233996  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1877  hypothetical protein  56.45 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1253  hypothetical protein  56.45 
 
 		 105 aa  67.8  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2607  hypothetical protein  52.86 
 
 		 91 aa  67  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.879556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0685  hypothetical protein  52.86 
 
 		 91 aa  67  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1484  hypothetical protein  58.33 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.144811 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2934  hypothetical protein  56.67 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.903297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4165  hypothetical protein  56.67 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1818  hypothetical protein  55.17 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2014  hypothetical protein  48.98 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1960  hypothetical protein  38.71 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3238  hypothetical protein  42.86 
 
 		 87 aa  44.7  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0250995 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0732  hypothetical protein  43.18 
 
 		 73 aa  43.9  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0393  hypothetical protein  38.33 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.509195 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1678  hypothetical protein  38.24 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1245  hypothetical protein  32.88 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2021  DNA binding domain protein, excisionase family  44.44 
 
 		 77 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1181  hypothetical protein  41.82 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1452  transcriptional regulator, MerR family  46 
 
 		 77 aa  40.8  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1229  phage transcriptional regulator, AlpA  37.1 
 
 		 80 aa  40.4  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.470338  normal  0.459813 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3583  hypothetical protein  41.07 
 
 		 95 aa  40.8  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0015  regulatory protein MerR  43.14 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2640  hypothetical protein  41.82 
 
 		 87 aa  40.4  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.183558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>