216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0606 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
148 aa  311  9.999999999999999e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
142 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.4 
 
 
135 aa  77.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  34.59 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  30.53 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.85 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  33.08 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
123 aa  68.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.35 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.56 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  32.56 
 
 
131 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32 
 
 
132 aa  67  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.59 
 
 
145 aa  67  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  32.81 
 
 
126 aa  65.5  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.46 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.03 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.12 
 
 
140 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.91 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
140 aa  61.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.87 
 
 
153 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  30.23 
 
 
137 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.32 
 
 
146 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  29.23 
 
 
162 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.95 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2604  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.55 
 
 
144 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.46 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  27.12 
 
 
131 aa  57.4  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.37 
 
 
132 aa  57  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.94 
 
 
139 aa  57  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.3 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.63 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.92 
 
 
137 aa  56.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
143 aa  55.5  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.15 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.81 
 
 
138 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.34 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.34 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.19 
 
 
135 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.86 
 
 
154 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.28 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.24 
 
 
137 aa  55.1  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  27.48 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.19 
 
 
143 aa  55.1  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.89 
 
 
140 aa  54.3  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.27 
 
 
154 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  27.78 
 
 
145 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.32 
 
 
128 aa  53.9  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3196  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.33 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.78 
 
 
145 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1263  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.06 
 
 
138 aa  53.5  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
130 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
134 aa  53.5  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947036  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.81 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  0.000000225635 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.66 
 
 
153 aa  53.1  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4363  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
134 aa  53.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.08 
 
 
137 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.81 
 
 
133 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  28.57 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  28.26 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  24.24 
 
 
141 aa  52.4  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  30 
 
 
130 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.82 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.35 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.43 
 
 
134 aa  52  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  36.47 
 
 
154 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.45 
 
 
139 aa  51.6  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.4 
 
 
132 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.52 
 
 
134 aa  51.2  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.4 
 
 
124 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.61 
 
 
137 aa  50.8  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.36 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.5 
 
 
140 aa  51.2  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
138 aa  50.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.41 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.93 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  23.39 
 
 
134 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  23.74 
 
 
139 aa  50.8  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.5 
 
 
137 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.43 
 
 
135 aa  49.7  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.38 
 
 
136 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  27.05 
 
 
135 aa  50.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.6 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.98 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.29 
 
 
110 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.19 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.19 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.87 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.36 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.31 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.76 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.68 
 
 
155 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.56 
 
 
162 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2065  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.19 
 
 
142 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.72 
 
 
162 aa  48.5  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>