More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1447 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
136 aa  283  8e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  81.48 
 
 
135 aa  244  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.69 
 
 
134 aa  187  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  55.56 
 
 
135 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.69 
 
 
137 aa  121  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  41.48 
 
 
141 aa  121  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.4 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.64 
 
 
132 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.86 
 
 
135 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  40.48 
 
 
131 aa  105  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.8 
 
 
143 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.8 
 
 
143 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.82 
 
 
132 aa  100  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  39.52 
 
 
131 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.34 
 
 
138 aa  91.7  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.03 
 
 
142 aa  90.5  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.21 
 
 
134 aa  89.7  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  36.64 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  36.15 
 
 
133 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.54 
 
 
142 aa  85.1  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  32.56 
 
 
133 aa  84  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.86 
 
 
133 aa  84  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.35 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  34.11 
 
 
137 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  31.34 
 
 
137 aa  82  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.29 
 
 
130 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
149 aa  81.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
127 aa  81.3  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  35.29 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.4 
 
 
146 aa  79.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
133 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  31.25 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.29 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.6 
 
 
133 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.43 
 
 
128 aa  73.2  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  28.46 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.23 
 
 
137 aa  72  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  28.79 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.67 
 
 
123 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.33 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.59 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7165  hypothetical protein  33.9 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.03 
 
 
131 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0383  ATPase  26.56 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.678579  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
136 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2410  hypothetical protein  31.2 
 
 
158 aa  70.1  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.53 
 
 
136 aa  70.1  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
163 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.27 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
213 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.8 
 
 
136 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.03 
 
 
145 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.65 
 
 
123 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.03 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.75 
 
 
124 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.01 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  27.34 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  27.34 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.99 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  30.71 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7100  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.78 
 
 
124 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.883539 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.67 
 
 
123 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1218  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.67 
 
 
123 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.67 
 
 
123 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342973  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0499  hypothetical protein  32.79 
 
 
123 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.78 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.446608  normal  0.0952276 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.23 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.54 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.06 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.23 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  35.14 
 
 
115 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  28.8 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  28.8 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
135 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  28.8 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  28.8 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.92 
 
 
156 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  28.8 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  28.8 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.23 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.61 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  26.61 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.61 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.2 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  29.85 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.81 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.12 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  30.47 
 
 
129 aa  63.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.06 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.36 
 
 
147 aa  63.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  28.24 
 
 
148 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.46 
 
 
123 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.36 
 
 
132 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3020  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.69 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.082898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.42 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>