More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0603 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
139 aa  290  5e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.94 
 
 
162 aa  186  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  58.82 
 
 
136 aa  185  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  58.82 
 
 
136 aa  184  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  62.31 
 
 
133 aa  183  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  60.74 
 
 
136 aa  183  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  58.09 
 
 
136 aa  183  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  58.09 
 
 
136 aa  183  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  64.06 
 
 
136 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60.47 
 
 
136 aa  180  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  64.06 
 
 
136 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  62.5 
 
 
136 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60.47 
 
 
137 aa  178  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  55.38 
 
 
158 aa  177  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.93 
 
 
134 aa  117  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.93 
 
 
134 aa  116  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.69 
 
 
136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.76 
 
 
136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.69 
 
 
213 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.13 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.69 
 
 
136 aa  110  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.28 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.5 
 
 
132 aa  108  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.92 
 
 
136 aa  107  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  35.16 
 
 
135 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  35.16 
 
 
135 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  35.16 
 
 
135 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  35.16 
 
 
135 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.16 
 
 
135 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  35.16 
 
 
135 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  35.16 
 
 
135 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  34.38 
 
 
135 aa  106  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.43 
 
 
133 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  35.43 
 
 
134 aa  103  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36 
 
 
132 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.17 
 
 
133 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.07 
 
 
133 aa  100  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  39.67 
 
 
139 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
133 aa  99  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  36.67 
 
 
132 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.09 
 
 
152 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.06 
 
 
133 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.23 
 
 
136 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.5 
 
 
135 aa  95.9  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  36.43 
 
 
131 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
147 aa  94.4  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  38.02 
 
 
139 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  35.66 
 
 
131 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  35.71 
 
 
129 aa  92.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.04 
 
 
163 aa  92.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.11 
 
 
134 aa  92  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.11 
 
 
144 aa  90.9  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.85 
 
 
154 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.85 
 
 
154 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.48 
 
 
139 aa  89.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.97 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.38 
 
 
154 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.82 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  30.71 
 
 
139 aa  89.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.58 
 
 
166 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  35.07 
 
 
141 aa  88.2  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.19 
 
 
160 aa  87.8  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  33.08 
 
 
154 aa  87.4  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40 
 
 
162 aa  87  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.88 
 
 
162 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.03 
 
 
133 aa  86.3  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.88 
 
 
162 aa  86.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.07 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.15 
 
 
158 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.59 
 
 
166 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.15 
 
 
158 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.08 
 
 
154 aa  84.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.3 
 
 
164 aa  84  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.81 
 
 
135 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.5 
 
 
158 aa  83.6  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
131 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.71 
 
 
158 aa  83.6  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.22 
 
 
154 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.23 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  30.08 
 
 
155 aa  82.4  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
132 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
131 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
149 aa  80.9  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  34.92 
 
 
164 aa  80.9  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.85 
 
 
128 aa  80.9  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.94 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
154 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  33.33 
 
 
162 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  38 
 
 
147 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.56 
 
 
147 aa  78.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.6 
 
 
139 aa  79.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.6 
 
 
138 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.31 
 
 
134 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38 
 
 
147 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.25 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.86 
 
 
166 aa  77.8  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.91 
 
 
159 aa  77.8  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0006  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.92 
 
 
122 aa  77.4  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.56 
 
 
137 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.78 
 
 
137 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>