295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1324 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
137 aa  291  3e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  65.89 
 
 
136 aa  193  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  63.85 
 
 
136 aa  192  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.88 
 
 
136 aa  192  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  65.89 
 
 
136 aa  192  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  66.94 
 
 
136 aa  189  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  62.5 
 
 
136 aa  181  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  62.5 
 
 
136 aa  180  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.72 
 
 
136 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60.47 
 
 
139 aa  178  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.72 
 
 
136 aa  176  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  56.82 
 
 
162 aa  175  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  56.25 
 
 
158 aa  173  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  58.73 
 
 
133 aa  164  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.37 
 
 
213 aa  114  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.76 
 
 
136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.37 
 
 
136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.17 
 
 
136 aa  111  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.4 
 
 
136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.51 
 
 
134 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.06 
 
 
136 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.71 
 
 
134 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.67 
 
 
133 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.59 
 
 
132 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.77 
 
 
133 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.77 
 
 
133 aa  100  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  36.07 
 
 
135 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  36.07 
 
 
135 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.4 
 
 
133 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  36.07 
 
 
135 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  36.07 
 
 
135 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  34.96 
 
 
134 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  36.07 
 
 
135 aa  98.2  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  35.25 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.25 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  35.25 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  38.28 
 
 
141 aa  96.7  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
133 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.4 
 
 
132 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.4 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.88 
 
 
135 aa  95.5  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  37.01 
 
 
131 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.25 
 
 
132 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.72 
 
 
152 aa  94.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  34.92 
 
 
129 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  35 
 
 
132 aa  94  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  36.67 
 
 
139 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.93 
 
 
136 aa  91.3  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  35.83 
 
 
139 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  35.43 
 
 
131 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
154 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  35.34 
 
 
154 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36 
 
 
154 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.2 
 
 
154 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.14 
 
 
166 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.65 
 
 
133 aa  87  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
154 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.33 
 
 
162 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.54 
 
 
144 aa  86.3  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
158 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.29 
 
 
166 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  32.82 
 
 
139 aa  86.3  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.82 
 
 
166 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  35.04 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.83 
 
 
162 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.09 
 
 
162 aa  85.5  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.28 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
154 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
158 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  31.01 
 
 
155 aa  84.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.4 
 
 
162 aa  84.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.13 
 
 
155 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.62 
 
 
131 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.63 
 
 
160 aa  84.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.34 
 
 
147 aa  84.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.62 
 
 
131 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.19 
 
 
130 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.4 
 
 
149 aa  82.4  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.08 
 
 
163 aa  82.4  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.38 
 
 
139 aa  82  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.28 
 
 
135 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  32.8 
 
 
164 aa  81.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.04 
 
 
154 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  33.63 
 
 
162 aa  81.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.92 
 
 
161 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.47 
 
 
133 aa  80.1  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.34 
 
 
133 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.55 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.79 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.92 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  31.78 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.59 
 
 
130 aa  77  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  32.61 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.85 
 
 
131 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.78 
 
 
130 aa  75.5  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.71 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.13 
 
 
143 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.65 
 
 
130 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.11 
 
 
130 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  34.38 
 
 
126 aa  75.5  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>