More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0063 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  100 
 
 
132 aa  277  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  89.39 
 
 
133 aa  248  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.6 
 
 
133 aa  187  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  58.78 
 
 
132 aa  178  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  61.07 
 
 
139 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.54 
 
 
133 aa  176  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  59.54 
 
 
134 aa  176  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  58.78 
 
 
133 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  59.54 
 
 
139 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  59.52 
 
 
133 aa  167  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.83 
 
 
134 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.83 
 
 
134 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.13 
 
 
213 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.13 
 
 
136 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.13 
 
 
136 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.8 
 
 
136 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.09 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40 
 
 
136 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.6 
 
 
135 aa  105  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  37.6 
 
 
135 aa  105  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  37.6 
 
 
135 aa  105  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  37.6 
 
 
135 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  37.6 
 
 
135 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  37.6 
 
 
135 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.67 
 
 
132 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  37.6 
 
 
135 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.16 
 
 
152 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  38.4 
 
 
135 aa  104  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.71 
 
 
162 aa  99  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.67 
 
 
139 aa  96.7  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40 
 
 
132 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
137 aa  94  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.01 
 
 
160 aa  93.6  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.48 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.54 
 
 
134 aa  92.8  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
154 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  35.83 
 
 
133 aa  91.7  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  33.07 
 
 
131 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  34.13 
 
 
131 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  31.97 
 
 
136 aa  90.5  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.59 
 
 
161 aa  89.4  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.2 
 
 
136 aa  90.1  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
154 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35 
 
 
154 aa  89  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.05 
 
 
136 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.2 
 
 
136 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.97 
 
 
137 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.2 
 
 
136 aa  88.2  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.94 
 
 
134 aa  87.8  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.01 
 
 
131 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  31.71 
 
 
154 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.54 
 
 
154 aa  87.4  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.71 
 
 
154 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.4 
 
 
158 aa  87  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.46 
 
 
138 aa  87  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
136 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  32.03 
 
 
162 aa  85.1  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.58 
 
 
136 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.76 
 
 
131 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
136 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.22 
 
 
131 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.71 
 
 
154 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.25 
 
 
137 aa  80.9  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.58 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.58 
 
 
136 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.5 
 
 
164 aa  80.1  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.58 
 
 
162 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0438  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.81 
 
 
135 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0694453  normal  0.582015 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.84 
 
 
163 aa  79  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.71 
 
 
158 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
144 aa  78.2  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.65 
 
 
162 aa  78.2  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.46 
 
 
133 aa  77.8  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.92 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.91 
 
 
158 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
158 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  32.77 
 
 
155 aa  76.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.64 
 
 
147 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.81 
 
 
153 aa  74.7  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3563  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
130 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.20004  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0743  hypothetical protein  28.26 
 
 
139 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  28.57 
 
 
137 aa  73.6  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2174  hypothetical protein  31.45 
 
 
130 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.48 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1776  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
155 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.621397  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
153 aa  72  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.55 
 
 
135 aa  72  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.79 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.63 
 
 
147 aa  72  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  28.8 
 
 
164 aa  71.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2924  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.87 
 
 
132 aa  71.2  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00417585  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  30.53 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.23 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.82 
 
 
166 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  29.27 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25 
 
 
137 aa  69.3  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0720631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.69 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  33.33 
 
 
147 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>